1.金融機構貸款利息收入逾期90天沖減收入的企業所得稅問題。
根據新《企業所得稅法實施條例》第十八條規定，利息收入應按照合同約定的債務人應付利息的日期確認收入的實現。新《企業所得稅法》實施后，《國家稅務總局關于金融保險企業所得稅有關業務問題的通知》（國稅函〔2002〕960號）第一條規定已失效。即以下兩條有關“金融企業貸款利息收入的所得稅處理”失效：金融企業發放的貸款，應按期計算利息并計入當期應納稅所得額。發放的貸款逾期（含展期，下同）90天尚未收回的，此前（含90天）發生的應收未收利息應按規定計入當期應納稅所得額；此后發生的應收未收利息不計入當期應納稅所得額，待實際收回時再計入當期應納稅所得額。
金融企業已經計入應納稅所得額或已按規定繳納企業所得稅的應收未收利息，如逾期90天（不含90天）仍未收回的，準予沖減當期的應納稅所得額。
因此，金融機構對2008年度貸款利息收入逾期90天沖減收入的，要進行納稅調整。
2.保障成品油市場供應財政補貼的涉稅處理。
為保障成品油市場供應，國家對中國石油天然氣集團公司所屬企業進口原油、成品油和加工原油進行財政補貼。進口成品油企業包括中國石油天然氣股份有限公司華東銷售分公司、華南銷售分公司、東北銷售分公司、西北銷售分公司。對于為保障成品油市場供應而給予的財政補貼應根據《財政部國家稅務總局關于財政性資金、行政事業性收費、政府性基金有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅〔2008〕151號）、《財政部國家稅務總局關于專項用途財政性資金有關企業所得稅處理問題的通知》（財稅〔2009〕87號）的規定，重點復核上述財政補貼是否符合不征稅收入條件和補貼資金使用情況。不符合條件的補貼收入應作為當期收入征稅；符合條件的不征稅收入，其用于支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除，用于支出所形成的資產，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。
3.企業職工報銷私家車燃油費的企業所得稅處理。
2008年1月1日（不含）以前，根據《國家稅務總局關于企事業單位公務用車制度改革后相關費用稅前扣除問題的批復》（國稅函〔2007〕305號）規定，企事業單位公務用車制度改革后，在規定的標準內，為員工報銷的油料費、過路費、停車費、洗車費、修理費和保險費等相關費用以及以現金或實物形式發放的交通補貼，均屬于企事業單位的工資、薪金支出，應一律計入企事業單位的工資總額，按照現行的計稅工資標準進行稅前扣除。
另外，根據《財政部國家稅務總局關于調整企業所得稅工資支出稅前扣除政策的通知》（財稅〔2006〕126號）的規定，2007年12月12日以前，企業計稅工資要受月人均1600元的限制，由于企業員工人均月工資普遍超過1600元，在實際計算繳納所得稅時，企業實行車改后為員工報銷的燃油費基本上會因為超過限額，而被作為工資部分的應納稅所得額調增回來補稅，企業實際上享受不到扣除減免。
例如，2007年某企業當年有員工100人，人均月工資2000元，全年發放2000×12×100÷10000＝240（萬元），人均月報銷燃油費200元，全年發放200×12×100÷10000＝24（萬元），當年工資總額為264萬元，工資允許稅前扣除限額1600×12×100÷10000＝192（萬元），在申報所得稅時調增應納稅所得額72萬元，可以看出企業給予報銷的24萬元燃油費都并入應稅所得繳納了所得稅。
2008年1月1日（含）以后，根據《國家稅務總局關于企業工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》（國稅函〔2009〕3號）規定，企業為員工報銷的燃油費，應作為職工交通補貼在職工福利費中扣除。
這對于福利費使用不足的企業而言顯然是利好，只要企業實際支出的職工福利費不超過工資、薪金總額的14%，而且按規定用途使用，都可以在稅前扣除。
例如，2009年某企業當年有員工100人，人均月工資2000元，全年工資總額2000×12×100÷10000＝240（萬元），人均月報銷燃油費200元，全年發放200×12×100÷10000＝24（萬元），當年已支出職工福利費8萬元，全年職工福利費合計32萬元＜福利費扣除限額240×14%＝33.6（萬元），可以全部扣除。當然了，如果企業當年支出職工福利費已經較大，如發生15萬元了，那當年的職工福利費就達到39萬元，超標的39－33.6＝5.4（萬元）在申報企業所得稅時就需要做應納稅所得額調整了。
4.對中華人民共和國境內的保險企業將其承保的以境內標的物為保險業務向境外再保險人辦理分保的業務，支付給境外保險的分保保費收入扣繳企業所得稅問題。
根據中華人民共和國主席令第63號《中華人民共和國企業所得稅法》第三條第三款和第三十七條、原《外商投資企業和外國企業所得稅法》第三條和第十九條規定以及相關國家的稅收協定規定，對在中國境內未設立機構場所境外保險企業，以境內標的物為保險業務，取得保費收入，應扣繳預提所得稅。
5.金融機構貸款轉為股權，計提壞賬準備金稅前扣除的問題。
對于金融機構發放給公司的貸款，因企業到期未能還本形成的呆滯貸款，經國有資產管理委員會批復，將貸款轉為該公司的股權，因未構成實質性的呆賬，對金融機構已提取的壞賬準備金應沖回，不得稅前扣除。
6.企業為職工購買人身意外險的企業所得稅前扣除問題。
根據《國家稅務總局關于印發〈企業所得稅稅前扣除辦法〉的通知》（國稅發〔2000〕84號）第四十九條及新《企業所得稅法實施條例》第三十六條規定，除企業依照國家有關規定為特殊工種職工支付的人身安全保險費和國務院財政、稅務主管部門規定可以扣除的其他商業保險費（如為從事高危工種職工投保的工傷保險、為因公出差的職工按次投保的航空意外險）外，企業為投資者或者職工支付的商業保險費，不得在企業所得稅前扣除。
7.2008年工資稅前扣除方式改變的前后稅收銜接問題。
根據《國家稅務總局關于企業工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》（國稅函〔2009〕3號）第一條規定，工資薪金按實際發放為原則。如果企業將2007年度計提并已進行稅前扣除的工資，在2008年度實際發放時再次進行稅前扣除，應進行納稅調整。基于此規定，如果企業在2009年度還是預提的話，在2009年度沒有實際發放的則要進行納稅調整。
8.金融保險企業開展的以業務銷售附帶贈送實物的行為，根據企業所得稅法規定，屬于企業廣告費和業務宣傳費支出，可以按規定比例稅前扣除。
9.企業與其他企業或個人共用水、電，無法取得水、電發票的，應以雙方的租用合同、電力和供水公司出具給出租方的原始水、電發票或復印件、經雙方確認的用水、電量分割單等憑證，據實進行稅前扣除。
10.企業向退休人員發放補助的稅前扣除問題。
根據新企業所得稅法實施條例第三十四條、《國家稅務總局關于印發〈企業所得稅稅前扣除辦法〉的通知》（國稅發〔2000〕84號）第十八條規定，企業向退休人員發放的補助不得稅前扣除。退休人員取得的上述補助應按規定扣繳個人所得稅。
11.金融企業向職工提供優惠利率貸款的企業所得稅問題。
根據《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》第十五條規定，金融企業給職工的優惠利率貸款，應按金融企業當月市場同類貸款利率取得的利息收入，進行企業所得稅納稅調整。
12.企業因解除勞動關系向職工支付的經濟補償、生活補助的稅前扣除問題。
企業因解除勞動關系向職工支付的經濟補償、生活補助等支出，應根據《財政部國家稅務總局關于企業收取和交納的各種價內外基金（資金、附加）和收費征免企業所得稅等幾個政策問題的通知》（財稅字〔1997〕022號）第三條規定，按勞動部關于《違反和解除勞動合同的經濟補償辦法》規定支付給職工的經濟補償金，可在企業所得稅稅前扣除。
13.2009年，企業自查調增的應納稅所得額可以彌補以前年度虧損，調減的應納稅所得額，若有多繳所得稅的暫不辦理退稅，抵減以后年度應納稅額。