第一，要審查應取得發票的事項是否都取得了發票。《進一步加強稅收征管若干具體措施》（國稅發[2009]114號）第六條規定，加強企業所得稅稅前扣除項目管理，未按規定取得合法有效憑據不得在稅前扣除。發票管理辦法第二十條規定，所有單位和從事生產、經營活動的個人在購買商品、接受服務以及從事其他經營活動支付款項，應當向收款方取得發票。應取得發票的對象是指所有單位和從事生產、經營活動的個人，應取得發票的事項是指購買商品、接受服務以及其他經營活動。一般情況下，只要是涉及貨物與勞務稅的業務都應當取得發票，也就是說，一筆業務如果對方要繳納增值稅或營業稅，就應當從對方取得發票（自己開具農副產品收購憑證的除外）。比如，企業支付給本企業員工的工資、薪金，對方不用繳納增值稅或營業稅，也就不用取得發票，只以工資表和相應的付款單據等作為稅前扣除憑證。而企業發生勞務派遣人員工資、薪金時，對方要繳納營業稅，就應以勞務公司開具的發票、企業與勞務公司簽訂的用工合同等作為稅前扣除憑證。
第二，要注重實質性審查。企業并非取得了發票就能稅前扣除，發票所記載的經濟業務必須是真實發生的才能扣除。因此，納稅人要對發票作實質性審查，審查發票是否與實際經濟業務相符，銷售方使用的是否是其所在省（自治區、直轄市和計劃單列市）的發票，開票方是否與收款方一致，銷售方名稱、印章、貨物名稱、數量、金額及稅額等是否與實際相符等等，如果不相符，那就是虛開的發票或非法代開的發票。納稅人取得虛開、非法代開的發票既不能用于增值稅進項抵扣，也不能作為所得稅稅前扣除憑證。
特別提示，按發票管理辦法的規定，納稅人“讓他人為自己開具與實際經營業務情況不符的發票”是虛開發票的行為，比如說要求商家將煙酒開成辦公用品等，將受到重罰，甚至被追究刑事責任。當然，如果是善意取得虛開的發票，按規定可不受處罰，但所取得的發票也不能作為合法有效的稅前扣除憑證。
第三，要審查發票的真偽和有效性。對增值稅專用發票要重點審查是否是虛開的發票，發票的真偽可提請稅務機關進行鑒定。對普通發票首先要審查是不是新版發票，自2011年1月1日起，全國統一使用新版普通發票，各地廢止的舊版普通發票停止使用。從名稱上看，普通發票簡并票種換版后，分為通用機打發票、通用手工發票和通用定額發票三大類。發票名稱為“××省××稅務局通用機打發票”、“××省××稅務局通用手工發票”、“××省××稅務局通用定額發票”。從2011年1月1日起，已沒有“貨物銷售發票”、“修理修配發票”了，這些都是作廢的發票或假發票。從發票代碼上區別，根據普通發票代碼的編制規則，第六至第七位，代表的是年份標志，凡這兩位數是小于“10”的都是舊版發票，也就是作廢發票。當前只有這兩位數是“10”、“11”或“12”的才是新版發票，才可作為合法有效的憑證在稅前扣除（注意：各省對部分企業的舊版冠名發票可能有延長使用期限的規定，請按文件規定執行）。從發票的票面限額來看，現在手工發票只有千元版和百元版兩種，萬元版及以上的發票都要由機具開具。其次要審查發票是不是私自印制、偽造、變造、非法取得的發票，比如說從票販子手中購買的發票就是假發票或者非法取得的發票。實際工作中，納稅人可通過發票本身含有的物理防偽措施鑒別，也可上網查詢、電話查詢或者向稅務部門申請鑒定發票的真偽。
第四，要進行票面審查。一要審查發票的抬頭是否空白，是否為個人或者其他單位，是否填寫了企業名稱全稱。《國家稅務總局關于進一步加強普通發票管理工作的通知》（國稅發[2008]80號）第八條第二款規定，在日常檢查中發現納稅人使用不符合規定發票特別是沒有填開付款方全稱的發票，不得允許納稅人用于稅前扣除、抵扣稅款、出口退稅和財務報銷；二要審查發票的日期是否屬于以前年度，是否有報銷時間限制；三要審查發票的業務內容是否與本單位相關；四要審查票據是否有白條或者收據；五要審查發票上加蓋的是不是“發票專用章”，從2011年2月1日起，如果發票上加蓋財務專用章或行政公章都是無效票，而且舊的發票專用章只能用到2011年底，從2012年1月1日起，全部啟用新的發票專用章，發票上只有加蓋新發票專用章的才是有效票。
第五，要審查其他憑據是否充分。取得符合規定的發票是稅前扣除的必要條件，但不是充分條件，發票只是憑證之一，為證明經濟業務往來的真實性，往往還應當具有合同、協議、章程等，因此納稅人在平時就要注意收集整理相關資料，以存備查，防范風險。比如，企業大額采購支出，就要提供相關的合同、付款憑證等資料，與發票相比較、分析，確保支出的真實性；會議費的支出，除了發票，還要有會務安排計劃，與會務主辦方簽訂的合同，會務費明細、付款憑證等；差旅費支出，交通費和住宿費以發票為稅前扣除憑證，差旅補助支出要提供出差人員姓名、出差地點、時間和任務等內容的證明材料；取得境外發票的，根據發票管理辦法的規定，稅務機關在納稅審查時有疑義的，可以要求其提供境外公證機構或者注冊會計師的確認證明，經稅務機關審核認可后，方可作為記賬核算的憑證。
最后提醒納稅人，發票的取得時限有新規定，《國家稅務總局關于企業所得稅若干問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第34號）規定，自2011年7月1日起，企業當年度實際發生的相關成本、費用，由于各種原因未能及時取得該成本、費用的有效憑證，企業在預繳季度所得稅時，可以暫按賬面發生金額進行核算；但是在匯算清繳時，應當補充提供該成本、費用的有效憑證。