現在不少小規模企業向一般納稅人銷售貨物時，往往忽視了到主管稅務機關代開增值稅專用發票。根據國家稅務總局《關于修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》（國稅發〔2006〕156號）的規定，增值稅小規模納稅人需要開具專用發票的，可向主管稅務機關申請代開。因此單位向一般納稅人銷售貨物完全可以到稅務機關申請代開增值稅專用發票。這樣，一般納稅人的購貨單位取得代開專用發票可以抵扣進項稅，降低購貨成本，公司也可以擴大產品銷路。申請代開增值稅專用發票的具體做法是：
一、申請代開專用發票的范圍
國家稅務總局《關于印發〈稅務機關代開增值稅專用發票管理辦法（試行）〉的通知》（國稅發〔2004〕153號）規定，已辦理稅務登記的小規模納稅人（包括個體經營者），以及國家稅務總局確定的其他可予代開增值稅專用發票的納稅人，可以申請代開專用發票。
但主管稅務機關只能為所轄范圍內的增值稅納稅人代開專用發票。固定業戶到外縣（市）銷售貨物，向其機構所在地主管稅務機關申報納稅，需要申請代開專用發票的，也應到其機構所在地主管稅務機關申請代開。
國家稅務總局《關于調整憑普通發票退稅政策的通知》（國稅函〔2005〕248號）規定，凡出口企業從小規模納稅人購進的貨物出口，一律憑增值稅專用發票（必須是增值稅防偽稅控開票系統或防偽稅控代開票系統開具的增值稅專用發票）及有關憑證辦理退稅。小規模納稅人向出口企業銷售這些產品，可到稅務機關代開增值稅專用發票。
但應注意下列兩種情況不得申請代開增值稅專用發票：國家稅務總局《關于增值稅起征點調整后有關問題的批復》（國稅函〔2003〕1396號）規定，銷售額未達到起征點的個體工商業戶，稅務機關不得為其代開專用發票；《國家稅務總局關于修訂<稅專用發票使用規定>通知》（國稅發〔2006〕156號文件）規定，銷售免稅貨物不得開具專用發票，法律、法規及國家稅務總局另有規定的除外。
二、申請代開專用發票的程序
為了貫徹《行政許可法》，根據《國務院關于第三批取消和調整行政審批項目的決定》（國辦發〔2004〕16號）文件及國家稅務總局《關于取消小規模企業銷售貨物或應稅勞務由稅務所代開增值稅專用發票審批后有關問題的通知》（國稅函〔2004〕895號）規定，納稅人申請代開專用發票，不再由稅務機關審批。
根據國家稅務總局《關于印發〈稅務機關代開增值稅專用發票管理辦法（試行）〉的通知》（國稅發〔2004〕153號）規定，納稅人應按下列程序申請代開專用發票：
（一）填寫《代開增值稅專用發票繳納稅款申報單》，連同稅務登記證副本，到主管稅務機關稅款征收崗位按專用發票上注明的稅額全額申報繳納稅款，同時繳納專用發票工本費。
（二）繳納稅款后，憑《申報單》和稅收完稅憑證及稅務登記證副本，到代開專用發票崗位申請代開專用發票。
（三）稅務機關通過防偽稅控系統代開增值稅專用發票。
具體應提交的材料以主管稅務機關要求的為準。
據了解，主管稅務機關一般還要求申請代開增值稅專用發票的納稅人提供購銷合同復印件和購貨方加蓋“增值稅一般納稅人”確認專章的稅務登記證副本復印件。
代開專用發票崗確認申報征收崗傳來的征稅電子信息與申報單和稅收完稅證上的金額、稅額相符合，按照申報單、完稅證和專用發票一一對應即“一單一證一票”原則，為增值稅納稅人代開增值稅專用發票。
專用發票的“單價”欄和“金額”欄分別填寫不含增值稅稅額的單價和銷售額；“稅率”欄填寫增值稅征收率，即3%。
三、代開專用發票的抵扣
根據國家稅務總局《關于加強稅務機關代開增值稅專用發票管理問題的通知》（國稅函〔2004〕1404號）規定，增值稅一般納稅人取得的稅務機關通過防偽稅控系統代開的增值稅專用發票，同取得其他增值稅專用發票一樣，必須自該專用發票開具之日起180日內認證，并在認證通過的當月按規定核算當期進項稅額并申報抵扣。不必填報代開發票抵扣清單。可以抵扣的進項稅額以代開專用發票上注明的、按征收率計算的稅額為準。
四、發生銷貨退回或銷售折讓等情況的處理
（一）稅務機關代開專用發票時填寫有誤的，應及時在防偽稅控代開票系統中作廢，重新開具。
（二）代開專用發票后發生退票的，稅務機關應按照增值稅一般納稅人作廢或開具負數專用發票的有關規定進行處理。
（三）需要重新開票的，稅務機關應同時進行新開票稅額與原開票稅額的清算，多退少補；對無需重新開票的，按有關規定退還增值稅納稅人已繳的稅款或抵頂下期正常申報稅款。根據國家稅務總局《關于國家稅務局為小規模納稅人代開發票及稅款征收有關問題的通知》（國稅發〔2005〕18號）規定，由主管地稅局退還已征收的城市維護建設稅和教育費附加或者委托主管國稅局在下期抵繳已征收的城市維護建設稅和教育費附加。
五、雙定戶申請代開發票如何征稅
國家稅務總局《關于加強稅務機關代開增值稅專用發票管理問題的通知》（國稅函〔2004〕1404號）規定，對實行定期定額征收方法的納稅人正常申報時，按以下方法進行清算：
（一）每月開票金額大于應征增值稅稅額的，以開票金額數為依據征收稅款，并作為下一年度核定定期定額的依據。
（二）每月開票金額小于應征增值稅稅額的，按應征增值稅稅額數征收稅款。