出口貨物退(免)稅檢查是一項政策性和技術性很強的業務工作。涉及出口企業大量的財務會計資料，要使檢查工作減少盲目性，克服混亂性，提高工作效率，就必須講究科學的檢查方法和技巧，只有熟練和正確運用科學的檢查方法才能保證 出口退稅 檢查的質量。
出口貨物退(免)稅檢查和征稅檢查一樣，其檢查的方法有很多，按檢查的順序劃分有順查法和逆查法;按對出口企業一定時期內有關經濟內容檢查面大小和深淺程度劃分有全面檢查和重點檢查;按檢查的組織形式劃分有自查法、復查法和重點抽查法。根據 出口退稅 檢查自身的特點，在檢查工作中常見的實用的檢查方法主要有以下3種：
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日常稽查法是出口退稅中最常用、最基本的方法，是主管出口退稅機關日常工作的一個重要組成部分。它主要是對日常 單證 對審或計算機審核出來的錯誤、疑點信息，特別是機審為“E”和“W”的疑點信息，通過與企業會計報表、賬冊和申報出口退稅的其他有關資料核對，以檢查出口退稅申報是否正確。這一日常檢查工作執行得好壞，直接關系到退稅工作的質量。有許多騙取出口退稅的線索也能從這一檢查中發現。
(二)專項檢查法
專項檢查法又稱重點檢查法。是對出口企業某一時期內有關資料或對某一方面的經濟業務進行的檢查。通過事先分析資料發現疑點和線索，以及平時了解掌握的情況，有的放矢地進行檢查的方法。通常用于對騙稅案件檢查，對某一類出口商品或某筆出口業務，以及某種貿易方式出口退稅業務進行專題檢查。重點檢查法是出口退稅檢查工作中最常用的方法。其特點是突出重點，針對情況，收效較明顯，而且節省人力和時間，可以達到事半功倍的效果。
(三)全面檢查法
全面檢查法是對出口企業的各項退稅會計憑證、賬、表、票據 單證 等項目進行全面系統的檢查，是對一定時期內某一出口企業涉及出口退稅的各種資料進行的一種全方位的檢查，能達到查清、查透的效果，但工作量大，較費人力和時間。一般在年度清算時選擇一些重點企業進行。在檢查時，一般可著手從“庫存商品”、“自營出口銷售收入”、“應收外匯賬款”、“應交稅費——應交增值稅”等賬和有關憑證報表進行檢查。