無論是法定保險或是年金，都應分為企業為個人繳納部分與個人實際繳納部分分別處理。

　　（一）個人實際繳納部分，法定保險允許在其個人所得稅前扣除，而年金則不能在個稅前扣除。

　　依據財稅[2006]10號第一條規定，個人按照國家或省（自治區、直轄市）人民政府規定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費，允許在個人應納稅所得額中扣除；而國稅函[2009]694號文件第二條則規定，個人繳納年金部分不能在計算個人所得稅前進行扣除。

　　如：王某當月工資4000元，扣除個人實際繳納的基本養老保險、基本醫療保險費和失業保險費、公積金后余3080元，企業建立了年金制度，個人實際繳納160元，王某當月領取工資2920元。則依據上述規定，王某雖然當月實際領取工資為2920元，但其當月應納稅所得額應為3080元（2920 160），即個人實際繳納的160元年金部分不能作稅前扣除，需要計入到其王某當月的工資薪金中計算繳納個人所得稅。

　　（二）企業為個人所繳納的法定保險有免稅部分，而年金應全額征收個人所得稅。

　　依據《財政部、國家稅務總局關于基本養老保險費基本醫療保險費失業保險費住房公積金有關個人所得稅政策的通知》（財稅[2006]10號）第一條規定，企事業單位按照國家或省（自治區、直轄市）人民政府規定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費，免征個人所得稅，但需要注意的是，對于超過規定的比例和標準繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費，應將超過部分并入個人當期的工資、薪金收入，計征個人所得稅，即法定保險是有免征部分的；而國稅函[2009]694號文件第二條則規定，企業年金的企業繳費計入個人賬戶的部分是需要計征個人所得稅的，在該文件中同時規定，年金在計入個人賬戶時，應視為個人一個月的工資、薪金（不與正常工資、薪金合并），不扣除任何費用，按照“工資、薪金所得”項目計算當期應納個人所得稅款，并由企業在繳費時代扣代繳。

　　舉例說明：接上例，王某當月應納稅所得額為3080元，而王某所在企業為其繳納年金160元，則王某當月實際應繳納個人所得稅應為：

　　[（3080-2000）×10%-25] 160×5%=83 8=91（元）

　　即：王某當月個人所得稅應繳納91元。