1、每個分店，作為一個獨立的會計主體，必須設立一套帳簿，用來記錄從總店收到的經營資金，商品以及對外銷售，應付應收款項，費用等，并定期編制報表向總店報告。其具體的會計科目設置由總店統一規定。分店的固定資產和折舊費用不在分店核算，由總店進行核算和管理。
2、總店給分店的商品計價方法，由三種記價方法：成本價，成本加成，零售價。 成本價是一種最基本和普遍的作價方式，可以避免在期末存貨中包含未實現利潤，使分店報表更真實，反映分店的真實經營成果，但是撥交分店的商品若按成本作價時，將使全部利潤在分店實現，（如有商品是總店自己生產的，則會夸大分店的獲利能力）。 成本加成作價，是總店向分店撥交商品時，總店按成本加上一定百分比的利潤。這樣會使分店報告的利潤降低，而使期末存貨多計。這需要總店在期末編制聯合會計報表時進行適當的調整，以消除存貨上高于成本的那部分未實現利潤。成本加成的另一個目的使為了不讓分店經理了解分店的獲利能力。 按零售價作價，目的是為了加強對分店存貨的控制，也能對分店經理封鎖利潤消息。這種計價方法，分店收到商品時按零售價借記存貨帳戶，銷貨時仍按零售價貸計存貨帳戶，分店的存貨帳戶余額就是按零售價記價的庫存商品，利潤全部集中于總店，總店可以根據發貨記錄和分店的銷貨記錄，就可以知道分店還有多少庫存商品，如期末實際盤存與帳面不符，就表示有差錯、損失和失竊，便于總店對分店的管理。 以上是連鎖經營的一些基本特點，具體報表及帳務處理以后討論。
二、分店會計的其他問題：
1、固定資產的處理 分店經營所用的固定資產，有兩種處理方式，一是由分店帳上核算，當分店取得總店撥入的固定資產時，借記資產帳戶，貸記總店往來帳戶，總店則借記分店往來帳戶，貸記資產帳戶，資產折舊費用分店自行處理。不過這種方法不常用。另一種方法更位常見，就是由總店統一記帳和管理，這可保證整個企業采用統一的折舊方法，而且有利于總店控制整個企業的資本性支出。當總店為分店購置固定資產時，總店借記資產帳戶，貸記現今帳戶，如果經批準由分店自行購置固定資產，分店需在帳務上借記總店往來，貸記現金帳戶，并向總店報帳，總店接到分店報告，則借記資產帳戶，貸記分店往來，各分店的固定資產折舊費用由總店統一計提和核算。
2、總店發生的應由分店分攤的費用處理方法 總店發生的各項費用，如保險、房產稅，廣告費以及總店統一記帳的固定資產折舊費等，有些用于分店經營，應分攤給各分店，通常以開具借項通知單的方式告知分店，并在總店帳上借記分店往來，貸記營業費用帳戶，分店在接到總店開具的通知單時，則借記營業費用，貸記總店往來。這種方法的采用可使分店單獨編制的利潤表反映其經營活動的全貌，便于總店衡量各分店的經營效率。 有些為了管理和其他原因，并不將應由分店負擔的費用全部分攤給各分店，二由總店調整分店的利潤。如分店員工的工資、分店經理的津貼等，這樣會使分店利潤虛增，這種情況下，則在總店收到分店的利潤表，并將利潤入帳后，再借記分店利潤，貸記費用類帳戶，通過這種方法將分店的虛增的利潤調整過來。
3、分店之間的商品調撥帳務處理 在連鎖經營情況下，偶然會出現各分店之間的商品互相調撥的現象，由于這種情況比較偶然，一般分店之間不設往來帳戶，分店之間的商品調撥，都必須由總店進行核算，如甲店向乙店調撥商品，則甲店借記總店往來，貸記存貨，乙店收到商品時借記存貨貸記總店往來，總店則借記乙分店往來，貸記甲分店往來。 在一般情況下，分店進貨的運費可以計入成本，但是分店之間的商品調撥發生的額外運費不能計入成本，只能計入總店的費用，如總店撥商品給甲店，運費600元，后這批商品調撥給乙店，從甲店到乙店發生400元運費，假設從總店直接撥這批商品給乙店，運費為750元，則多發生的250元（600+400-750）計入總店的費用，因為這是總店在商品調度上失誤造成的問題，不應由分店負擔。
三、相對帳戶的調節：
總店帳上的“分店往來”與分店帳上的“總店往來”是一個相對的帳戶，理論上兩者余額應隨時相等，但在實務上兩者相等是非常罕見的。造成兩者不等的原因主要有二類：一是記帳錯誤，如重記漏記等；二是未達帳項，即總店與分店之間由于商品運輸和權益性單據的傳遞，造成雙方在入帳時間上的差異，它與銀行未達帳在形式上十分相似。這類未達帳項對于在會計期間內基本沒有什么影響，過些時日，入帳后會自動調整，但在會計期末編制聯合會計報表時，則必須對未達帳項進行調整，保證“總店往來”和“分店往來”在余額上一致，也只有這樣才能保證在編制聯合會計報表時互相抵銷。
在會計期末，對總分店雙方不相等的余額編制相對帳戶調節表，其具體的編制方法與銀行未達帳調節表編制方法相類似，在此就不討論了。
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