會計軟件的一般結構是從系統的功能層次結構來反映的，所謂功能結構，是指系統按其功能分層分塊的結構形式，即模塊化的結構。

　　一個系統可以劃分為若干個子系統，每個子系統可劃分為幾個功能模塊，每個功能模塊再劃分為若干個層次，每個層次沿橫向分為若干個模塊，每個模塊都有相對獨立的功能。一個子系統對應一個獨立完整的管理職能，在系統中有較強的獨立性，一個功能模塊完成某一管理業務，是組成子系統的基本單位；一個程序模塊則實現某一具體加工處理，是組成功能模塊的基本要素，各層之間、每塊之間也有一定的聯系。通過這種聯系，將各層、各塊組成一個有機的整體，去實現系統目標。
　　
　　如果將會計軟件作為整個企業管理信息系統MIS的一部分，則其模式稱為一體化模式。

　　一、總帳系統

　　總帳系統是每個會計軟件的核心，對所有的會計核算軟件來說都是必不可少的，總帳處理的工作量也是最大的，一般包括：憑證的輸入、審核、記帳、帳本的查詢、輸出等。

　　二、出納管理

　　出納是會計中十分重要的一個崗位，它擔負著現金、銀行存款的收、付。傳統的會計軟件一般是以記帳憑證的輸入開始，因此作為出納是不允許進行上機操作的，但這樣的電算化是不徹底的。出納管理包括：收入管理、支出管理、出納帳處理等。

　　三、應收、應付帳

　　應收、應付帳是用來管理企業的往來帳款的，在市場經濟條件下，企業的往來帳管理工作量愈來愈大，也愈來愈重要。應收、應付帳包括：往來單位管理、應收應付核銷、帳齡分析等。

　　四、報表處理

　　企業會計核算的結果最后需要用報表的形式反映出來，因此、報表處理主要用于進行報表的定義、編制、輸出。
五、工資核算

　　工資核算用來進行工資的發放和核算，一般包括：工資的編輯、計算、工資的發放、工資的分攤等。

　　六、固定資產核算

　　固定資產核算用來管理、核算企業的固定資產，固定資產核算每月的工作量不是很大，僅僅是每月的增減部分，以及固定資產在部門之間發生的轉移，大部分的工作量是在開始的初始化設置，而手工核算中較繁瑣的折舊的計提及轉帳等，則由計算機來完成，能大大減輕核算工作量。固定資產核算包括：固定資產增減變化、折舊計提、固定資產分攤等。

　　七、銷售核算

　　銷售核算用來進行銷售的管理，其主要包括：銷售商品的管理、銷售中開票、收款、發貨的管理、銷售毛利的計算等。

　　八、存貨管理

　　存貨管理主要來管理企業的存貨，如：原材料、產成品等等，管好存貨對企業是十分重要的，手工核算下其工作量也很大，并且不容易管好。存貨管理包括：存貨代碼的管理、存貨的收、發、存管理，存貨出庫計價管理，存貨核算等。

　　九、成本核算

　　成本核算主要用來核算企業的生產成本。其主要包括：直接成本的處理，間接成本的分攤，成本的計算等。

　　十、財務分析

　　財務分析是在核算的基礎上對財務數據進行綜合分析的，不同的會計軟件其分析的內容也有所不同，一般有：預算分析、前后期對比分析、圖形分析等。