2002年以前，事業單位專項資金的來源有兩個：一是財政部門、上級單位或其他單位撥入的有指定用途，并需要單獨報賬的專項資金，主要是基建項目經費、大型修繕項目經費等；二是財政按照核定的預算撥入的專項資金，主要是購房補貼、提租補貼和住房公積金等。按照《事業單位會計制度》（自1998年1月1日起執行）規定，上述專項資金分別以“撥入專款”和“財政補助收入”形式反映。事業單位收到撥款時，按資金來源借記“銀行存款”科目，貸記“撥入�？睢�、“財政補助收入”科目；發生支出時，按資金占用借記“專款支出”、“事業支出”科目，貸記“銀行存款”等科目；年終結賬時，對已完工的基建、大型修繕項目，將“撥入�？睢迸c“�？钪С觥笨颇繉�沖，完工項目如有余額要按撥款單位規定辦理，或上繳或轉入單位事業基金——一般基金，但對未完工項目和財政補助收入專項結余年終如何進行賬務處理并在年終決算報表的資產負債表中反映，會計制度尚無明確規定。

　　又因會計制度規定，“事業結余”科目年終應無余額，因此，有的單位在年終結賬時，將專項資金結余轉入“其他應付款”科目，在資產負債表的“其他應付款”項目反映；有的單位則將專項資金結余直接列入“事業結余”科目，在資產負債表的“其他凈資產”項目反映。

　　這種做法造成決算報表統計口徑不一致，也反映不出專項資金結余的性質。

　　財政預算體制改革后，部門預算項目逐步細化。2002年，財政部規定事業單位年度預算中的事業支出劃分為基本支出和項目支出，其中項目支出結余可結轉下年使用。同時，財政部下發通知要求事業單位修改事業支出核算內容，在“事業支出”科目下設置“基本支出”

　　和“項目支出”二級明細科目，并在二級明細科目下按“政府預算收支科目”中的“一般預算支出目級科目”設置三級明細科目，并進行明細核算�！盎�本支出”明細科目核算事業單位為保證其正常運轉，完成日常工作任務所發生的支出：“項目支出”明細科目核算事業單位為完成其特定的事業發展目標所發生的支出。但新的核算方法并未明確項目支出經費收入等同于以前的撥入�？�，新核算方法雖然明確了項目支出明細科目和結余的使用方法，但對于項目支出經費收入核算科目和年終結余科目及核算并未明確。事業單位在年終賬務處理和報表編制方面仍存在以前出現的問題。

　　針對事業單位專項資金核算中存在的問題，筆者認為，事業單位的專項資金結余應屬于凈資產，應在“事業結余”科目核算。財政預算體制改革后，新核算方法規定的項目支出經費來源較之過去的專項資金來源范圍廣，既包括財政部門、上級單位或其他單位撥入的有指定用途，并需要單獨報賬的專項資金，也包括單位用于項目支出的自籌資金。因此，單位收到財政部門撥款時，借記“銀行存款”科目，貸記“財政補助收入”科目；收到上級部門撥款時，借記“銀行存款”科目，貸記“上級補助收入”科目；收到其他部門撥款時，借記“銀行存款”科目，貸記“其他收入”科目；單位自籌資金安排的項目支出不需做賬務處理，視同用單位事業收入安排，如事業收入不足，依次用其他收入和經營收入安排。