企業所得稅的計稅依據為應納稅所得額。企業在確認收入、成本、費用、損失并進行損益核算和帳務處理，以及進行資產、負債管理等都是按照企業會計制度執行。所以對于確認應納稅所得額過程中，因計算口徑和計算時期不同而形成的稅前會計利潤與應納稅所得額的差異，企業應當在進行企業所得稅申報時作相應的納稅調整。稅務機關對企業所得稅檢查中的“查增所得額”是指稅務機關按照稅法規定計算應調增的應納稅所得額（不包括納稅人已調增的）減去按稅法規定應調減的應納稅所得額（不包括納稅人已調減的）后的余額。
稅務機關對查增所得額根據企業虧損、減稅、免稅的不同情況下，在征稅上應當依法作以下處理：
一、對納稅企業的查增所得額不得彌補以前年度的虧損。
這里要注意兩點：
1、以前年度是指除所檢查年度外的應彌補虧損的年度；
2、以前年度虧損額是指經稅務機關按照稅收法規規定核實、調整的允許稅前扣除的虧損金額。查增所得額僅就所查年度而言，而不考慮以前年度的虧損彌補，其實質上是對納稅人的一種制裁。
二、對查增所得額的年度的彌補。
根據《企業所得稅暫行條例》的規定：應納稅所得額是指納稅人每一納稅年度的收入總額減去準予扣除項目后的余額。所以，對納稅企業所查年度為虧損（該虧損為納稅人自行申報的虧損數額）的，對稅務機關檢查的查增所得額可以彌補所查年度的虧損額。查增所得額彌補虧損后有兩種情況發生：
1、經虧損彌補后“由虧轉盈”的，按稅務機關調整的應納稅所得額抵補企業申報虧損額后的金額依法計征所得稅，在5月1日后繳納的，相應加收其滯納金；
2、申報虧損的企業，經稅務檢查調整后仍為虧損的，即為允許彌補的虧損額，按規定在以后年度中分年抵補。
三、對享受減、免稅企業的查增所得額的處理。
《稅收征管法實施細則》的規定：納稅人享受減稅、免稅待遇的，在減稅、免稅期間也應當按照規定辦理納稅申報。所以享受減免稅的納稅人應當和其他企業一樣：依法向稅務機關進行企業所得稅申報。稅務機關對享受減免稅的納稅人檢查的查增所得額分兩種情況：
1、對減稅企業屬于盈利年度查增所得額要按規定補稅，在5月1日后繳納的相應加收滯納金；
2、減稅企業的查增所得額彌補虧損后仍虧損的及免稅企業的查增所得額，不存在納稅問題。
對納稅人的追繳稅款和加收滯納金是納稅人的“本份”，但對上述的行為應當如何處理？根據《稅收征管法》第六十三條的規定：“納稅人偽造、變造、隱匿、擅自銷毀賬簿、記賬憑證，或者在賬簿上多列支出或者不列、少列收入，或者經稅務機關通知申報而拒不申報或者進行虛假的納稅申報，不繳或者少繳應納稅款的，是偷稅。對納稅人偷稅的，由稅務機關追繳其不繳或者少繳的稅款、滯納金，并處不繳或者少繳的稅款的百分之五十以上五倍以下的罰款；構成犯罪的依法追究刑事責任�！�
從本條的規定中可以看出，納稅人構成偷稅必須同時具備兩個條件：
一是采取了法定的任意一個或一個以上的手段；
二是形成了不繳或少繳稅款的客觀事實。也就是說，對納稅人實現的稅款構成偷稅不僅要有行為，而且還必須具備行為的結果：只有行為沒有結果不構成偷稅，反之，只有結果沒有行為的，同樣不構成偷稅。而不繳或少繳稅款的后果的時間界限是以稅收法律、行政法規規定或稅務機關依照稅收法律、行政法規確定的期限的最后一天為界。根據《企業所得稅暫行條例》第十五條的規定：“繳納企業所得稅，按年計算，分月或者分季予繳。月份或者季度終了后十五日內預繳，年度終了后四個月內匯算清繳，多退少補�！倍髽I所得稅應當在年度終了四十五日內申報。也就是說，企業所得稅的納稅申報與企業所得稅的繳納上有一個時間差的問題。
由此，對上述違法行為的處罰上應依法作如下處理：
一、對企業的查增所得額涉及應當納稅的，應當區分兩種情況：
1、對上述查增所得額涉及納稅且在四月底以前未繳納的。因納稅人的自行申報應納稅款與稅務機關依法調整后計算應納稅款之間產生差異，屬“虛假申報”行為，符合偷稅的第一個條件；在企業所得稅規定的期限即四月底以前未繳即形成不繳或少繳稅款的事實即符合偷稅的第二個條件。所以是偷稅。納稅人偷稅的，除追繳稅款、滯納金（5月1日起計算）外，并處所偷稅款的百分之五十以上五倍以下的罰款，構成犯罪的，依法移交司法機關處理。
2、對上述查增所得額涉及納稅且在四月底以前已繳納的。雖然納稅人應納稅款已在法律規定的期限內繳納，但納稅人的企業所得稅的申報失實。對此可以說是一種 “虛假申報”行為，也可以說是一種“編造虛假計稅依據”行為。但在什么情況下按虛假申報，什么情況下按編造虛假計稅依據？這應視納稅人是否造成不繳或少繳稅款的后果，納稅人的不如實申報行為但最終的結果并未造成不繳或少繳稅款甚至于多繳稅款的，屬“編造虛假計稅依據”行為，應當依據《稅收征管法》第六十四條規定處理，即由稅務機關責令限期改正，并處五萬元以下的罰款。
二、對查增所得額不涉及補稅，但對納稅人的自行申報的應納稅所得額與稅務機關依法作出的納稅調整后的應納稅所得額之間產生差異，也同樣屬“編造虛假計稅依據”行為，同樣應當依法處罰。