為了反映企業礦產資源補償費的征收繳納情況，繳納礦產資源補償費的企業，應在“管理費用”科目下設置“礦產資源補償費”明細科目，該科目借方反映企業為繳納礦產資源補償費而發生和歸集的進入期間費用的相關費用，貸方反映結轉進入“本年利潤”科目，作為抵減項的內容，期末應無余額。同時，為反映礦產資源補償費的結算情況，企業還應在“其他應交款”科目下設置“應交礦產資源補償費”明細科目進行核算。由于礦產資源補償費是一種費，而不是一種稅，所以不能在“應交稅金”科目下進行核算，要單獨在“其他應交款－應交礦產資源補償費”進行反映。該科目也屬于負債類科目，貸方反映應繳的礦產資源補償費，借方反映實際已經繳納的礦產資源補償費；若有貸方余額，表示存在欠繳的礦產資源補償費，若有借方余額，表示實際多繳納的礦產資源補償費。 實際上繳應繳的礦產資源補償費以及代繳的礦產資源補償費時，借記“其他應交款－應交礦產資源補償費”科目，貸記“銀行存款”等科目。