對查補的增值稅的賬務(wù)處理，可參照《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅一般納稅人發(fā)生偷稅行為如何確定偷稅數(shù)額和補稅罰款的通知》（國稅發(fā)[1998]66號）及《增值稅日常稽查辦法》（國稅發(fā)[1998]44號）的有關(guān)規(guī)定進行處理。《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅一般納稅人發(fā)生偷稅行為如何確定偷稅數(shù)額和補稅罰款的通知》（國稅發(fā)[1998]66號）第二條規(guī)定：“關(guān)于稅款的補征：偷稅款的補征入庫，應(yīng)當(dāng)視納稅人不同情況處理，即：根據(jù)檢查核實后一般納稅人當(dāng)期全部的銷項稅額與進項稅額（包括當(dāng)期留抵稅額），重新計算當(dāng)期全部應(yīng)納稅額，若應(yīng)納稅額為正數(shù)，應(yīng)當(dāng)作補稅處理，若應(yīng)納稅額為負(fù)數(shù)，應(yīng)當(dāng)核減期末留抵稅額。”《增值稅日常稽查辦法》（國稅發(fā)[1998]44號）規(guī)定：“增值稅檢查調(diào)帳方法：增值稅檢查后的帳務(wù)調(diào)整，應(yīng)設(shè)立‘應(yīng)交稅金-增值稅檢查調(diào)整’專門帳戶。凡檢查后應(yīng)調(diào)減帳面進項稅額或調(diào)增銷項稅額和進項稅額轉(zhuǎn)出的數(shù)額，借記有關(guān)科目，貸記應(yīng)交稅金-增值稅檢查調(diào)整；凡檢查后應(yīng)調(diào)增帳面進項稅額或調(diào)減銷項稅額和進項稅額轉(zhuǎn)出的數(shù)額，借記應(yīng)交稅金-增值稅檢查調(diào)整，貸記有關(guān)科目；全部調(diào)帳事項入帳后，應(yīng)結(jié)出本帳戶的余額，并對該余額進行處理：

　　1.若余額在借方，全部視同留抵進項稅額，按貸方余額數(shù)，借記‘應(yīng)交稅金-應(yīng)交增值稅（進項稅額）’科目，貸記本科目。

　　2.若余額在貸方，且‘應(yīng)交稅金-應(yīng)交增值稅’帳戶無余額，按貸方余額數(shù)，借記本科目，貸記‘應(yīng)交稅金-未交增值稅’科目。

　　3.若本帳戶余額在貸方，‘應(yīng)交稅金-應(yīng)交增值稅’帳戶有借方余額且等于或大于這個貸方余額，按貸方余額數(shù)，借記本科目，貸記‘應(yīng)交稅金-應(yīng)交增值稅’科目。

　　4.若本帳戶余額在貸方，‘應(yīng)交稅金-應(yīng)交增值稅’帳戶有借方余額但小于這個貸方余額，應(yīng)將這兩個帳戶的余額沖出，其差額貸記‘應(yīng)交稅金-未交增值稅’科目。上述帳務(wù)調(diào)整應(yīng)按納稅期逐期進行。