新的《中華人民共和國稅收征收管理法》實施以來，特別是通過近年來征管改革的不斷深化和稅收信息化程度的普遍提高，各級稅務機關在探索建立以專業化稽查和各環節分工制約為標志的新型稽查體系方面取得了積極的成效，稽查在查處偷逃稅行為、打擊涉稅犯罪、提高征管質量、促進依法治稅等方面發揮了積極的作用。但是客觀上講，由于受到認識、體制、手段、人員素質等多方面因素的制約，在突出打擊性稅務稽查上仍有許多不足之處。

　　1、稅務稽查的“重中之重”的地位還未得到認可。雖然也講“重點稽查”，但由于相當一部分人的思想觀念還未能完全從傳統的稅收征管模式轉變過來，過分強調征收單位的作用，忽視了稅務稽查的威懾力，安于現狀，不敢大膽對稅務稽查進行改革，瞻前顧后，仍沿用舊的征管模式，稽查部門承擔了與其職能不相符的大量管理性工作，不少地區的稽查部門將主要精力用于日常稽查和管理性檢查，甚至漏征漏管戶、滯納欠稅戶、匯算清繳戶的檢查，至今還有對稅務稽查下稽查任務的傳統做法。據有關人士估計，目前稽查部門真正用于對重大偷逃稅案件查處的精力還不到全部精力的20%，稽查職能資源被大大浪費。

　　2、稽查選案不規范，還沒有一套切實可行的操作辦法。目前稅務稽查案件的來源除了舉報案件外，一是靠以往的稽查經驗來確定稽查對象，二是在進行專項稽查時，出于對某個行業或某項政策的稅收清理的需要，在該行業或涉及該政策的納稅人中普遍確定稽查對象，三是稅務稽查工作圍繞收入任務，只注重納稅大戶，而忽視繳稅小戶，。具有科學性的計算機選案由于缺乏必要的信息基礎，基本沒有做到。選案環節的準確性低，針對性差，效率不高，影響了稽查對稅收違法犯罪行為的針對性，嚴重浪費了稽查力量。

　　3、一些案件的查處未予查深查透，稽查效果不明顯，打擊的力度還不夠深。由于稅務稽查部門本身執法權限和稅收政策的局限性，以及經費、設備等客觀原因的限制，目前大多數的稽查部門雖然查處了大量的涉稅案件，但有些案件未能查深查透，致使查處時間較長，但取得的效果不大，有些即使查出問題卻處罰難、執行難，難以形成具有典型教育意義的大案要案。某國稅稽查局在2006年3月份查處了所轄一企業，當初步查明該企業涉嫌偷稅100多萬元時，金融部門害怕企業破產收不回貸款，當即對企業進行了查封扣押，稅務稽查從查處到結案需要一段時間，當稅務稽查結案時，企業只剩下一個“空殼”企業，造成國家稅款難以執行。

　　4、稅務稽查與稅務管理性檢查銜接不強，執法缺乏公正性和嚴肅性。突出表現在多頭稽查、重復稽查的現象較為普遍，往往出現一項檢查剛完，專項檢查又來了，管理性檢查剛完，專案稽查又來了的現象，納稅人不堪其擾；稽查對象的選擇上缺乏標準，對經濟效益好的企業往往稽查較多，對經濟效益差的企業稽查較少，使檢查失去了公正性，加上個別稽查人員執法隨意、以言代法現象的存在，嚴重影響了稅務稽查在社會公眾中的形象。同時，由于稅務稽查對證據資料的收集缺乏統一的標準，造成了對同一個納稅人的檢查，稽查人員收集的證據不盡相同，由于證據的詳細程度不同，往往會得出不同的稽查結果。比如：對某企業納稅人進行檢查，該企業賬面處理符合稅收制度的要求，A檢查組認為需要檢查賬外資料，注重對賬外資料的收集，從而查出一系列偷稅證據；而B檢查組認為對企業“查賬查賬，就賬查賬”，從而未發現偷稅問題（拋開其它因素的影響）。作為稅務機關來講，雖然得出兩種結論，但B檢查組也無過錯，該企業賬面處理正常，也沒有哪條哪款規定對每個納稅人都要檢查賬外資料，況且還有查到查不到的問題，這些都使稅務稽查的嚴肅性受到考驗。

　　5、稅務稽查處罰力度小，威懾作用還不夠大。在西方一些稅務稽查效能較高的國家，納稅人一聽說稅務稽查人員要找上門來，往往會十分緊張，這說明這些國家的稅務稽查具有很強的震懾力。而在我國，稅收違法行為比較普遍，由于處罰力度的限制，納稅人對稅務稽查人員上門檢查不以為然，偷稅甚至在少數納稅人眼中是“精明能干”行為。據一線稅務稽查人員稱，一些涉稅違法犯罪份子，對一些已經確鑿的證據，在稅務人員對其進行詢問時，他能“舌生蓮花”，亂說一通，怎么好怎么說；但當公安人員對其進行詢問時，他則如實反映，經常造成稅務與公安檢查結果的不一致。對于那些屢查屢犯的納稅人，稽查也未對他們的違法行為起到強有力的威懾作用。特別是一些典型的案件，曝光遇到阻力，這些都嚴重削弱了稅務稽查的威懾力量。

　　6、稅務稽查信息化水平不高，信息暢通還沒有真正實現。一是受企業財會軟件開發應用程度的影響。特別是許多企業成本核算全是手工記賬或自制軟件，稅務稽查軟件變成了“高射機槍打蚊子”。二是稅務機關本身對計算機協查運用不到位。現行的協查只能是增值稅專用票的網上協查，而對所謂“四小票”，即廢舊物資銷售發票、海關完稅證、運輸發票、農副產品收購憑證的協查，只能通過手工發函的形式，造成回函時間長或干脆沒有回函的現象，影響稽查質量。三是國、地稅兩套機構的設置，造成信息不流暢。有的企業增值稅在國稅管轄，而企業所得稅在地稅管轄，增值稅被國稅查處后，有的甚至已被移送公安處理，但對不符合規定的發票，由于分屬兩個部門，信息未及時傳遞，地稅機關未作所得稅方面的處理。而對于相同企業，其增值稅、企業所得稅都在國稅機關管轄，國稅機關對兩方面都可進行處理，從而造成對相同企業的處理不相同。