不是所有的運輸發票都能抵扣稅的，也不是所有的運輸發票都能全額抵扣的。比如，鐵路運輸貨票，只能依其中的運費加鐵路基金抵稅；再比如國際海洋運輸業開具的海運費發票也不能全額抵扣；所謂的運輸發票抵扣稅，只能是財務部、國稅總局認可的運輸部門開具的發票才能按照運費金額的7％抵扣。

　　一、根據國稅發［1995］192號文規定，準予計算進項稅額扣除的貨運發票種類包括增值稅一般納稅人外購和銷售貨物（固定資產除外）所支付的運輸費用；準予計算進項稅額扣除的貨運發票種類，不包括增值稅一般納稅人取得的貨運定額發票。根據這一規定抵扣進項稅額要把握幾點：

　　1.貨運發票（鐵路票、航空票除外）必須套印全國統一發票監制章能抵扣進項稅額，貨運定額發票、其它普通發票、行政事業收據等單據不得作為抵扣進項稅額的依據。

　　2.貨運發票必須是增值稅一般納稅人外購和銷售貨物所支付的運輸費用才可以據以計算抵扣進項稅額；然而并不是貨運發票注明的所有費用都可以據以計算抵扣進項稅額，從運輸費用的構成看，嚴格意義的運費及運輸單據上注明的建設基金可以依法進行抵扣，而隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費不得抵扣。

　　3.承運單位必須是國營鐵路、民用航空、公路和水上運輸單位以及從事貨物運輸的非國有運輸單位。個體工商戶、地方稅務局代開的運輸發票以及其它單位開具的發票不得據以計算抵扣進項稅額。

　　二、實務中，企業接受運輸發票抵扣增值稅方面存在許多問題，以下方面應予以重點關注：

　　1、注意發票開票單位是否合法。稅法明確規定，開票單位必須是經稅務機關批準，有自行開具運輸發票資格的企業，或者是主管地稅局以及經省級地稅局批準委托中介機構代開票單位代開的貨物運輸業發票。凡未經地稅局認定的納稅人開具的貨物運輸業發票一律不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。所以，作為一般納稅人企業，在接受運輸服務時，應當注意提供服務的當事人的合法身份，驗明所接受的運輸票據是否符合抵扣增值稅的規定，以防人為地增加經營成本。而全國聯運行業貨運統一發票是包含鐵路運輸、公路運輸、水路運輸及中轉雜費的一種發票，開具這類發票的企業實質上一種貨運代理企業，其本身一般沒有運輸能力，需要委托鐵路、公路、水路等運輸單位來完成運輸工作，因此不能作為進項稅金抵扣。

　　2、驗明具有合法身份的單位和個人所提供的運輸票據是否在法定的期限內。《關于使用公路、內河貨物運輸業統一發票有關問題的通知》規定，《貨運發票》必須采用稅控收款機系列產品開具，手寫無效?！秶叶悇湛偩株P于印發新版〈全國聯運行業貨運統一發票〉式樣的通知》規定，《全國聯運行業貨運統一發票》使用新版本。因此，納稅人應當注意檢查其時效性。

　　3、自開票納稅人和代開票單位必須按照規定逐欄、如實填開貨物運輸業發票。凡開具給增值稅一般納稅人的貨物運輸業發票，必須填寫該增值稅一般納稅人的名稱和納稅人識別號。自開發票的，應在運費發票下方正中央加蓋有開票人識別號、主管地稅局名稱和代碼等內容的“開票人專用章”和財務專用章。此外，《國家稅務總局關于加強貨物運輸業稅收征收管理有關問題的通知》（國稅發明電[2003]第055號）規定，如果地稅局代開貨運發票時，應加蓋代開票地稅局發票專用章，專用章要有代開票地稅局名稱和地稅局代碼。否則不予抵扣增值稅。

　　4、申報抵扣增值稅時的手續是否符合規定。取得的所有需計算抵扣增值稅進項稅額的運輸發票，應根據相關運輸發票逐票填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》，增值稅一般納稅人必須填寫其中的“取得運輸發票單位名稱及識別號” 欄，否則，所取得的運費發票不能作為增值稅進項抵扣憑證。在進行增值稅納稅申報時，除按現行規定申報報表資料外，還必須報送《增值稅運輸發票抵扣清單》。納稅人除報送清單紙質資料外，還需同時報送《增值稅運輸發票抵扣清單》的電子信息。未單獨報送《增值稅運輸發票抵扣清單》紙質資料及電子信息的，其運輸發票進項稅額不得抵扣。同時規定，如果納稅人未按規定要求填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》或者填寫內容不全的，該張運輸發票不得計算抵扣進項稅額。

　　5、增值稅一般納稅人取得稅務機關認定為自開票納稅人的聯運單位和物流單位開具的貨物運輸業發票準予計算抵扣進項稅額。準予抵扣的貨物運費金額是指自開票納稅人和代開票單位為代開票納稅人開具的貨運發票上注明的運費、建設基金和現行規定允許抵扣的其他貨物運輸費用；裝卸費、保險費和其他雜費不予抵扣。貨運發票應當分別注明運費和雜費，對未分別注明，而合并注明為運雜費的不予抵扣。

　　6、申報抵扣增值稅的時間是否符合規定。納稅人取得的貨物運輸業發票，可以在自發票開具日90天后的第一個納稅申報期結束以前申報抵扣，超過90天的不得予以抵扣。另外必須按照《增值稅運費發票抵扣清單》的要求填寫全部內容，對填寫內容不全的不得予以抵扣進項稅額。