關于輔導期一般納稅人進項稅額抵扣問題，《國家稅務總局關于加強新辦商貿企業增值稅征收管理有關問題的緊急通知》國稅發明電[2004]37號文第三條第六款規定，“在輔導期內，商貿企業取得的專用發票抵扣聯、海關進口增值稅專用繳款書和廢舊物資普通發票以及貨物運輸發票要在交叉稽核比對無誤后，方可予以抵扣。”《國家稅務總局關于加強新辦商貿企業增值稅征收管理有關問題的補充通知》國稅發明電[2004]62號文第七條預繳稅款，規定了“輔導期一般納稅人因需要增購增值稅專用發票的，應先預繳稅款。納稅人應依據已領購并開具的正數專用發票上注明的銷售額按4%征收率計算，向主管稅務機關預繳稅款。”

    《關于輔導期增值稅一般納稅人增購增值稅專用發票預繳增值稅有關問題的通知》國稅函[2005]1097號文進一步明確了預繳稅款的抵扣，“一、納稅人在輔導期內增購專用發票，繼續實行預繳增值稅的辦法，預繳的增值稅可在本期增值稅應納稅額中抵減，抵減后預繳增值稅仍有余額的，應于下期增購專用發票時，按次抵減。二、主管稅務機關應加強對納稅人預繳稅款抵減的審核工作（一）納稅人發生預繳稅款抵減的，應自行計算需抵減的稅款并向主管稅務機關提出抵減申請。（二）主管稅務機關接到申請后，經審核，納稅人繳稅和專用發票發售情況無誤，且納稅人預繳增值稅余額大于本次預繳增值稅的，不再預繳稅款可直接發售專用發票；納稅人本次預繳增值稅大于預繳增值稅余額的，應按差額部分預繳后再發售專用發票。三、主管稅務機關應在納稅人輔導期結束后的第一個月內，一次性退還納稅人因增購專用發票發生的預繳增值稅余額。”帳務處理，借：應繳稅金-應繳增值稅-已交稅金（已交稅金：記錄企業已繳納的增值稅額。企業已繳納的增值稅額用藍字登記；退回多繳的增值稅額用紅字登記。）貸：銀行存款。