根據京財稅[2000]2178號文件和財稅[2000]42號文件規定，與醫療機構有關的稅收政策如下：

　　醫療機構包括：各級各類醫院、門診部（所）、社區衛生服務中心（站）、急救中心（站）、城鄉衛生院、護理院（所）、療養院、臨床檢驗中心等。疾病控制、婦幼保健等衛生機構具體包括：各級政府及有關部門舉辦的衛生防疫站（疾病控制中心）、各種專科疾病防治站（所）。各級政府舉辦的婦幼保健所（站）、母嬰保健機構、兒童保健機構等，各級政府舉辦的血站（血液中心）。

　　一、關于非營利性醫療機構的稅收政策：

　　醫療服務是指醫療服務機構對患者進行檢查、診斷、治療、康復和提供預防保健、接生、計劃生育方面的服務，以及與這些服務有關的提供藥品、醫用材料器具、救護車、病房住宿和伙食的業務。

　　1、對非營利性醫療機構按照國家規定價格取得的醫療服務收入與不按國家規定價格取得的醫療服務收入分別核算，其中按照國家規定價格取得的醫療服務收入，免征各項稅收，不按國家規定價格取得的醫療服務收入以及不得享受該項政策。

　　2、對非營利性醫療機構從事非醫療服務取得的收入。如租賃收入、財產轉讓收入、培訓收入、對外投資收入等應按規定征收營業稅和企業所得稅。但對非營利性醫療機構取得屬于行政事業性收費的培訓收入，凡納入財政專戶管理的，為非應稅收入，暫不征收企業所得稅。

　　3、對非營利性醫療機構自用的房產、土地、車船，免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。

　　二、關于營利性醫療機構的稅收政策：

　　對營利性醫療機構取得的收入，按規定征收各項稅收。但為了支持營利性醫療機構的發展，對營利性醫療機構取得的收入，直接用于改善醫療衛生條件的，自其取得執業登記之日起，3年內給予下列優惠：

　　1、對其取得的醫療服務收入免征營業稅。

　　2、對營利性醫療機構自用的房產、土地、車船免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。

　　以上所征收的稅種，3年免稅期滿后恢復征稅。

　　三、關于疾病控制機構和婦幼保健機構等衛生機構的稅收政策。

　　1、對疾病控制機構和婦幼保健機構等衛生機構按照國家規定的價格取得的衛生服務收入（含疫苗接種和調撥、銷售收入），免征各項稅收。不按照國家規定價格取得的衛生服務收入不得享受上述政策。

　　2、對疾病控制機構和婦幼保健等衛生機構取得的其他經營收入如直接用于改善本衛生機構衛生服務條件的，經稅務部門審核批準可抵扣其應納稅所得額，就其余額繳納企業所得稅。

　　3、對疾病控制機構和婦幼保健機構等衛生機構自用的房產、土地、車船，免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。

　　四、以上醫療機構自用的房產、土地、車船免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅，不包括自身業務之外用于生產、經營、出租等營業行為的房產、土地和車船。

　　五、營利性與非營利性醫療機構的界定

　　醫療機構需要書面向衛生行政主管部門申明其性質，按《醫療機構管理條理進行設置審批和登記注冊，并由接受其登記注冊的衛生行政部門核定，在執業登記中注明“非營利性醫療機構”和“營利性醫療機構”。