企業計算抵扣進項稅時，存在兩個糾葛問題：第一是運費進項稅的計算。按稅法規定一切進項稅必須按索取規定的發票抵扣，復印件或自行分劈的發票不能抵扣。所以，總公司對關聯企業聯購聯銷貨物，由總公司支付的鐵（公）路運費，按稅法規定運費發票在那個企業，這個企業才可以計算進項稅，關聯公司不能計算進項稅。第二是兩個企業共同用一個總電表，電業局對有總電表企業收取電費（開增值稅專用發票），分戶企業分擔的電費就得不到進項稅。

　　對上述存在問題，要想既符合稅法規定，又要使進項稅抵扣合理（不重復抵扣）。筆者根據客觀實際談談個人意見：

　　（一）對聯購聯銷的運費進項稅處理。

　　1、聯購的運費進項稅。例如，市、縣煙草公司共同從煙廠進卷煙200000元，稅率17％，增值稅34000元，運雜費7000元（其中運費及基金1、基金2計款6000元），這批商品，市、縣公司各一半，但煙廠直接對市煙草公司銷售結算貨款，因此市公司以購進價開增值稅專用發票給縣公司當銷售處理，其運費的進項稅就不便分劈了。這樣一來，縣公司應得的運費進項稅，就得從結算費用中扣除。市公司的會計處理：

　　（1）購入商品時：借記庫存商品（商品已驗收入庫）200000元、應交稅金—應交增值稅（進項稅額）34600元（包括運費進項稅6000×10％＝600）、經營費用6400元（7000－600元），貸記銀行存款241000元。

　　（2）向縣公司分劈商品和費用時：借記銀行存款（或應收帳款）120200元，貸記商品銷售收入100000元、應交稅金—應交增值稅（銷項稅額）17000元、經營費用3200元（6400×5‰）。

　　2、聯銷商品的運費進項稅的處理：

　　例如縣糧食局（糧貿總公司）下屬各糧庫，都是一般納稅人，在對出口或外省銷售議價糧時（包干價）統一由糧貿總公司名義辦理銷售結算。之后，各糧庫按對外銷售價給縣公司開增值稅專用發票作銷售處理。但調糧運雜費，縣總公司采取把各糧庫發糧的費用均集中到縣總公司統一核算，然后按銷售數量向各糧庫分攤運雜費，這樣一來，運費結算發票在縣公司作了進項稅抵扣，糧庫無運費發票，應得的進項稅，也得采取聯購商品分劈運用進項稅的辦法。例如縣總公司聯銷糧食總費用80000元，其中運費及基金1、基金2等金額為60000元，其進項稅為6000（60000×10％）元，其會計處理：

　　（1）收到各糧庫交縣公司費用發票時：借記經營費用74000元（80000－6000），應交稅金—應交增值稅（進項稅額）6000元，貸記銀行存款（或應付帳款）80000元。

　　（2）向各糧庫分攤運雜費時：借記銀行存款（或應付帳款）74000元，貸記經營費用74000元。這樣處理帳務進項費的進項稅金雖然在縣總公司抵扣了，但糧庫應得的進項稅（從分擔費用總額中給扣除了）也得到了。

　　（二）電費抵扣進項稅分攤處理：例如，兩個一般納稅人用一個總電表，A企業向電業局繳電費，增值稅專用發票上注明的電費20000元，稅率17％，稅額340 0元。AB企業各負電費50％。A企業會計處理：

　　1、購電時：借記應交稅金—應交增值稅（進項稅額）3400元、經營費用20000元，貸記銀行存款23400元。

　　2、向B企業分攤電費時：

　　如果AB企業分開發票時應各付11700元，但B企業的進項稅已在A企業抵扣了，所以B企業分擔的費用只付電費即可。應借記銀行存款（或應收帳款10000元，貸記經營費用10000元（11700－1700）。