許多私募股權投資基金的管理人在募集資金的時候，出資人都會提出這樣一個問題：你搞的這個基金是公司制還是合伙制？如果是合伙制，那么是普通合伙還是有限合伙？這個問題不僅出資人關心，基金管理人更關心。因為基金的不同組織形式不僅關系到資金的使用效率，還關系到適用不同的稅收政策，從而直接影響出資人、基金管理人的投資收益。

    私募股權基金的組織形式有公司制和合伙制兩種，合伙制中又有普通合伙和有限合伙兩種。《合伙企業法》修訂前，我國大部分私募股權投資基金都采取公司制形式。雖然從法律層面講，公司制的私募股權投資基金出資人只承擔有限責任，可以有效的保護出資人的合法權益，但是在基金公司實際運作中存在一些不盡如人意的地方。

    根據《公司法》規定，公司全體股東的首次出資額不得低于注冊資本的20%，其余部分股東必須自公司成立之日起兩年內繳足，其中投資公司可以在5年內繳足。這樣一來，如果基金公司設立的前期沒有找到合適的項目，大量的開戶資金將只能存在開戶銀行，造成資金的閑置，降低了資金使用率。其次，從稅收角度來看，由于我國所得稅分為企業所得稅和個人所得稅，所以公司制的私募股權投資基金需就其自身經營所得先繳納25%的企業所得稅，之后分配給自然人投資者的股息再繳納20%的個人所得稅。所以，自然人投資者不喜歡公司制私募股權投資基金。

    2007年《合伙企業法》修訂實施后，合伙企業中的合伙人被分為兩類：普通合伙人和有限合伙人，普通合伙人依法對合伙企業債務承擔無限連帶責任，有限合伙人依法對合伙企業債務以其認繳的出資額為限承擔有限責任。實踐中，一種結合資本與智力的有限合伙制私募基金應運而生———即擁有財力但不參與經營管理者作為有限合伙人投入99%的資金，擁有專業知識和技能者作為普通合伙人只投入1%的資金，二者共同組成以有限合伙為組織形式的投資機構。這種有限合伙制私募股權基金較好地避免了公司制私募股權基金的上述不利之處。

    比如，有限合伙制私募股權投資基金在決定投資企業后，投資人可以有一個撥付資金的時限，在此時限內，投資者向基金撥付資金，再由基金向企業進行投資。這樣可以有效避免公司制私募股權投資基金資金閑置的問題。另外，根據規定有限合伙人雖然投入99%的資金，但只能分得80%左右的利潤，基金管理人作為普通合伙人雖然只投入1%的資金，但能分得20%左右的利潤，有限合伙制私募股權投資基金的激勵機制明顯比較強。

    再如，從稅收角度來看，《合伙企業法》第六條規定，合伙企業的生產經營所得和其他所得，按照國家有關稅收規定，由合伙人分別繳納所得稅。財稅[2008]159號文件規定，合伙企業生產經營所得和其他所得（包括合伙企業分配給所有合伙人的所得和企業當年留存的所得）采取“先分后稅”的原則，且合伙企業以每一個合伙人為納稅義務人。合伙企業合伙人是自然人的，繳納個人所得稅；合伙人是法人和其他組織的，繳納企業所得稅。這就避免了公司制私募股權投資出現的重復征稅問題。

    鑒于上述原因，2007年以后成立的私募股權基金大多采取了有限合伙的形式。應該說，有限合伙制的私募股權基金稅負較低是眾多投資人選擇這種形式的主要原因。但是，《合伙企業法》修訂后，稅收法規只跟進出臺了財稅[2008]159號文件，許多具體問題仍需出臺相關政策加以明確。

    第一，法人合伙人投資收益是否免稅？根據《企業所得稅法》第二十六條規定，符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益為免稅收入。那么，作為有限合伙企業的合伙人的法人投資者，其從被投資的居民企業分回的股息收入可作為免稅收入嗎？目前并無定論。

    第二，有限合伙企業合伙人生產經營所得適用稅率如何確定？財稅[2008]159號文件只規定合伙企業合伙人是自然人的，繳納個人所得稅；合伙人是法人和其他組織的，繳納企業所得稅。并沒有明確自然人作為有限合伙人或普通合伙人在適用稅率上有無差異。導致各地方制定了不同的規定，如北京、上海、天津三地目前針對這一問題的規定就不一致。

    第三，普通合伙人工資納稅的問題。作為基金管理者的普通合伙人每年可從基金中取得2%左右的管理費用于日常開支，包括租金、辦公設施花銷、差旅費、以及管理人員在投資期的工資等。這些支出可以列為有限合伙企業的經營成本。不過，根據財稅[2008]65號文件的規定，合伙企業投資者本人的費用扣除標準統一確定為24000元/年（2000元/月），超過部分要調增應納稅所得并入企業生產經營所得，然后將生產經營所得按“先分后稅”原則，各合伙人分別納稅。這就出現一個問題，工資所得本應由普通合伙人納稅，現在卻將部分所得轉嫁到了有限合伙人和法人合伙人身上。

    第四，證券開戶引起的稅收問題。2009年底證監會修訂后的《證券登記結算管理辦法》規定，中國合伙企業可以開立證券賬戶，也就是合伙企業可以自己的名義在股票市場上進行交易。根據財稅字[1998]61號文件規定從1997年1月1日起，對個人轉讓上市公司股票取得的所得繼續暫免征收個人所得稅；財稅[2005]102號文件規定對個人投資者從上市公司取得的股息紅利所得，暫減按50%計入個人應納稅所得額，依照現行稅法規定計征個人所得稅。那么，作為合伙人的自然人投資者可否享受上述優惠？目前并無相關政策進行明確。