實際上，資源稅改革的首要難題還不在行業、企業層面，而是其收入歸屬問題。

　　一個未被證實的消息是：改革后，中央將和地方進行資源稅稅收分成。對此消息，財政部和稅務總局均未給出正面回答，不過他們都強調，改革的推出，在指導思想上均會充分考慮地方利益。

　　資源稅屬于地方稅，目前雖很大程度上成為各級地方政府收費的平臺，但稅收立法權不在地方，而是由中央統一立法。

　　業內人士一致認為，資源為全民共有，因其價格上漲而帶來的額外收益，大部分應該歸國家所有，合理的分配應該是中央和地方都從中有所收益，這樣才更利于把這些收益用在全體國民身上。

　　于此同時，為防止稅改過程中導致部門利益的反彈，并且考慮當地治理環境和提供公共物品的需要，應該進行合理分成。但如何制定一個合理的分成比例，做到既重視資源屬地利益，又兼顧稅制改革，難度不小。

　　當然也有人擔心，一些以資源開采為經濟支柱的中西部地區，資源稅是當地政府提供更高水平的公共服務、改善環境、開發后續產業的持續資金來源，稅收分成，可能對地方財政造成影響。

　　“即便是分成，中央肯定會充分考慮地方利益，很有可能采取增量分成的方式。”財政部財政科學研究所稅收研究室主任孫剛說。在他看來，資源稅畢竟是小稅種，盡管是中西部地區，地方政府財政收入中資源稅的占比也不會很大。更大可能是，改革后采取增量分成，非但不會造成地方稅收減少，提高稅收標準，還會增加地方財政的收入。

　　來自廣西南丹縣的數據支持了孫剛的說法——這個以銻礦和錫礦產業為主，被譽為有色金屬之都的西部城市，2005年財政收入為4.3億元，其中資源稅800多萬元，占比不到2％。“現在銻礦的價格已經飆升到41000元/噸，如果按照價格來征收資源稅，即便是分成，財政收入無疑也會增加。”該縣政府一位官員稱。

　　“其實增量分成對地方政府還是存在一定影響，特別是落后地區的地方財政。同樣增加一塊錢，對地方和中央財政效果還是不一樣的，這背后涉及到中央和地方的財權、事權的分配問題，”楊志勇說，“所以一定會存在一個協調的問題。”