全面取消農業稅有效減輕了農民負擔，但還必須跟上相應的配套措施，才不致于將這種負擔轉移從而可能造成新的負擔。

　　一、鄉鎮政府職能轉變滯后

　　取消農業稅后，長期圍繞稅費轉的鄉鎮政府，工作量大大減少，鄉鎮政府的催糧派款喪失了執行空間，人浮于事的問題顯得十分突出。此外，鄉鎮政府的財政收入不再依靠農村而主要來自上級政府的轉移支付。而轉移支付資金多被縣政府分解到各個縣級職能部門，鄉鎮財政完全成了“吃飯財政”。因此，鄉鎮政府的職能應該重新定位，將原來的部分管理職能剝離出去，由管理型向服務型轉變。但是在具體實踐中，基層政府職能轉變嚴重滯后，大部分鄉鎮對政府職能轉變基本上都停留在口頭上，沒有采取實際行動。

　　而鄉鎮職能轉變滯后的原因是“社會穩定”的剛性約束。各級政府不愿意看到由于職能轉變的沖擊再增加一支鄉鎮干部的上訪隊伍。其次，雖然原則上說機構設置不要求上下對口，但是專項資金、項目等都由上級部門控制，如果鄉鎮沒有這個部門，就要受到種種牽制。這種牽制經常直接表現為得不到上級的專項資金等非常實在的損失。再次，鄉鎮本身的擴張沖動強烈，編制約束力極其有限。

　　二、農村公共產品更顯不足

　　取消農業稅以后，鄉鎮政府財政收入失去了主要來源，對農村公共產品的供給更是有心無力。村委會要供給公共產品，必須籌集資金，但村委會不是一級政府，它不能有獨立的公共財政權。因此農村基礎設施建設短缺成為當前農村的一大難題。

　　農村基礎設施建設短缺。以水利道路基礎設施建設為例，農業稅、“兩工”取消后，村內小型水利建設可以通過“一事一議”的方式解決，但跨鄉、跨村的道路水利設施建設工程難以開展。尤其在防洪任務重的洞庭湖區，按照防洪標準每年一線防洪大堤都要加高培厚，以前采取的辦法基本上都是運用“兩工”中的積累工，搞部分以資代勞，籌集資金用于堤防建設，每年用于堤防建設的以資代勞資金數目都相當大。

　　技術服務、農業信息等公共服務供給不足。在對農民的問卷調查中詢問農民“最希望從政府那里得到什么服務”，結果顯示：排在第一位的為農業技術指導。近幾年來，農民的科學種田水平并沒有提高多少，鄉鎮農技站、畜牧站、水產站等涉農部門也只是一門心思忙于自己的經濟利益，很少關注對農業的技術指導。而農民迫切需要種植、養殖方面的技術，現實中普遍缺乏農業技術服務。

　　三、鄉村兩級財政運轉困難

　　鄉村兩級財政收支矛盾突出。稅費改革以前，鄉鎮財政收入主要來源于各項稅費收入。農業稅取消以后，農業附加稅自行消失，村級運轉資金來源大量減少。今年免征農業稅，農業稅附加收入消失，國家財政轉移支付將成為村級正常運轉的惟一來源，村級收支缺口會更大， 村級組織將難以發揮自我管理、自我教育、自我服務的作用。

　　農業稅尾欠及其余稅收的收繳困難。 這次在宣布取消農業稅的同時，宣布暫停稅改前尾欠的清收，并對欠稅實行掛賬停息處理。這使農業稅尾欠問題成為目前農村社會的一大難題。

　　四、農村社會保障日益困難

　　中國農業人口約9億人，其中65歲以上的老年人口約6500萬人，農村人口的生活水平普遍低下。到目前為止，社會保障的覆蓋面局限于城鎮地區，而農村的社會保障嚴重滯后。大量青壯年農民進入城市后，農村老弱人群的基本保障問題更加突出。

　　農村弱勢群體保障問題日益突出。農村社會保障工作主要是救助社會弱勢群體和優待撫恤特殊群體。對于這兩類人的救助優撫，主要是縣級以上政府的責任，但由于資金有限，通常都要求鄉村兩級給予相應的資金配套或實物兌現。

　　農村醫療保障需求日益增加。在收入增長緩慢的前提下，疾病、養老和貧困是農民面臨的最大風險。而疾病與養老相比，風險更大。因此，醫療保障成為農民在社會保障體系中的第一保障需求。但是，目前的醫療保障基本上是農民自我保障。在醫藥價格猛漲的情形下，農民醫療費用支出急劇增加，醫療費用攀升的幅度超過了農民實際收入增長的幅度。據統計，醫療費用的增長幅度是農民收入增長幅度的2.5倍左右，醫療費用遠遠超出了農民個人和家庭的經濟承受能力。在農村，小病經常不看，大病看不起，一旦出現大病，則整個家庭陷入經濟困頓之中，因病致貧、因病返貧現象極為普遍。農民對社會醫療保障的需求很大。

　　五、農村文化教育缺乏

　　取消農業稅以后，鄉鎮政府收入明顯減少，也影響到農村基礎教育缺乏經費，“保工資”都成了很大的問題，對農村義務教育的投入越來越少。農村基礎教育將面臨學校危房沒有資金維修，學校辦公經費嚴重不足的困難境地。

　　缺乏技能培訓和市場培訓是目前農村勞動力的軟肋。而對于農民來講，在農村勞動力向城市的工業和第三產業轉移中，很多人并不具備足夠的勞動力素質，去適應城市里面的工作。而農村人口勞動力素質的關鍵又取決于農村教育水平，包括文化素質教育和專業的勞務技能教育。

　　農民的市場意識淡薄，在種、養的品種、結構上隨心所欲，很少考慮市場的潛在需求。地方政府對農業結構的引導與調整又常常缺乏全局的考慮，造成一哄而上、一哄而散。取消農業稅后，農業被進一步推向了市場，農民對市場的預期將直接影響農民的收入。因此，急需組織多種形式的培訓，引導并樹立農民的市場意識。

　　而基層干部的再教育問題尤為突出。當前急需解決以下問題：一是觀念轉變難，公仆意識欠缺。取消農業稅后，鄉村干部與農民的關系發生了很大的轉變，鄉村干部很難從觀念上樹立一種為農民服務的公仆意識，基層干部的服務能力也有問題。

　　另外，農村文化傳播手段滯后。鄉鎮文化站大多已停止了運轉，農民與外界的接觸只能通過電視。在農村調查中，大多數村還沒有有線電視。有些農村社會風氣越來越差，人們的道德觀念淡化，社會責任感缺乏，賭博之風盛行和信教農民越來越多。

　　六、農村土地承包糾紛增多

　　隨著農業稅取消和糧食直補、良種補貼政策的落實，土地收益回升，農民種田的積極性高漲，原來擁有土地使用權的進城農民工開始大批回鄉，要求轉包戶和鄉村干部返回原承包的土地；沒有趕上農村土地二輪延包的農戶，則根據國家現行的農村常駐人口。人人享有農村土地使用權的農村政策向鄉村干部施壓，要求重新調整土地；而目前占有土地承包權的農戶，也根據國家規定的農村土地承包30年不變的政策，極力反對重新調整農村土地。 如湖南澧縣某鄉，失地農戶高達42.2%，失地人口達31.1%.由此而引發了原承包戶與現租賃戶或承包戶之間的矛盾，2004年該鄉處理的案件就達184起，尤其是拋荒地糾紛多。這些土地承包糾紛規模大、涉及面廣。

　　總之，人多地少的矛盾，退與不退的矛盾，調與不調的矛盾，資金補償與資金缺乏的矛盾，將伴隨著農業稅取消的全過程，并相互交織，牽一發而動全身，成為當前農村社會矛盾的焦點和影響著農村社會穩定的不確定的因素。