國稅的內部控制制度是為了強化內部管理、提高效益和防范風險建立起來的。從防范內部風險來看，內部控制主要在以下幾個方面有所作為。

　　首先，嚴謹的內部控制制度可以使銀行決策科學化，減少決策風險。決策失誤是最大的失誤，決策不能隨心所欲。要做到決策正確，決策所依據的信息必須真實、正確、及時可靠。這就要求國稅建立高效的信息系統，并建立確保信息系統安全準確運行的內部管理制度；另外，對于同樣的信息，不同的人可能有不同的看法，科學的決策程序是確保決策正確，減少決策失敗的有效保證。

　　其次，不斷完善中的內部控制制度可以使國稅組織機構更合理、更有效率。國稅的組織機構是否合理高效，對國稅內部管理的效果有著直接的影響。內部控制制度要求組織機構能夠保證部門之間的權責劃分明確、清晰，便于操作，能夠保證部門之間的信息溝通方便、快捷，準確無誤，能夠在部門之間或部門內部建立必要的監督機制。但組織機構的安排和職責劃分，要體現效率原則。內部控制人員發現在控制內部環境（如組織機構）和控制程序（如組織機構的權責劃分、辦事流程）上存在的弊端后，可以向領導層反饋，對組織結構進行調整；在組織機構權責和辦事流程上，可以要求加以改進；針對發現的風險點，督促有關機構采取措施予以改正。通過不斷完善的內部控制制度，來不斷完善組織機構，使之為國稅的兩性目標服務。

　　最后，嚴密的內部控制使國稅各項內部管理制度更趨完善，制度得以落實。國稅的內部風險在很大程度上是制度風險。國稅業務總是向前發展的，而制度一旦制定，就相對穩定。因而從某種意義上說，制度總是落后于業務的，各種業務規章制度和操作規程需要不斷的改進和完善。

　　為使國稅的內部控制制度嚴密和有效，可以有多種途徑對其進行完善。一是業務部門的操作人員和檢查人員發現制度的漏洞，反饋到業務部門，業務部門對制度進行修改；二是內部審計稽核部門在審計稽核中發現的問題要求業務部門改進；三是外審檢查部門發現問題要求國稅（業務部門）進行整改，督促業務部門在制度上和制度執行上進行改正。