稅務機關征管信息化程度不高，稽查力度不足，威懾力不大，導致企業偷欠稅情況嚴重。抽查191戶企業發現104戶偷欠稅2，857萬元。如海口地稅局管轄6萬納稅戶（正常申報納稅的有1萬多戶），日常監管仍然依靠人工進行，全年稽查的納稅戶只占正常申報納稅戶的1.15％，稽查比例太低。
稅務機關沒有建立健全欠稅管理制度，缺乏欠稅登記、審核、追繳工作機制，造成信息掌握不對稱。4個直屬局對外報表中未反映的欠稅9，472萬元，不能真實、全面的反映納稅人欠稅情況。對納稅人欠稅情況，除專管員基本了解外，各直屬局沒有做到全面掌握。
跨市縣、跨鄉鎮引稅，擾亂正常的稅收秩序，造成財政資金流失。7個基層稅務所違法征收省內其他地區的稅款390萬元。跨區征收的稅款只有部分繳入國庫，其余返還給納稅人或中介人。
稅收減免不嚴格執行審批程序，稅務部門不按時征稅，不利于稅收監督。如海口地稅局保稅區分局沒有上報省局審批，形成事實上的減免稅，涉及4家企業3.82億元稅款。這些稅收減免情況沒有在稅收會計賬表上記載，稅收會計信息未如實反映減免情況。
土地增值稅征收數額極小，并存在稅收流失隱患。近兩年該省房地產業增長較快，但2003年全省僅征收1，376萬元。由于現行稅收法規有漏洞，對大多數已出售尚有少量留存、絕大部分工程已完工尚存少量零星工程的房地產項目如何結轉成本，計算征收土地增值稅還缺乏具體的規定，造成一些房地產項目實際已銷售使用多年，卻沒有足額繳納土地增值稅，只按0.4％的預征率征收。如某房地產公司房產銷售收入1.4億元，按0.4％的預征率只征收56萬元，而按照《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》的規定和收入成本配比方法測算，應征收1，006萬元，兩者相差18倍。
稅務機關沒有很好掌握納稅人的經營情況，賬外賬問題嚴重。許多納稅人在基本賬戶外開立多個銀行賬戶，有的達到10個以上。納稅人利用基本賬戶之外的賬戶，瞞報部分納稅事項。
