金稅工程由一個網絡、四個子系統構成基本框架。

    一個網絡，就是從國家稅務總局到省、地市、縣四級統一的計算機主干網；四個系統，就是覆蓋全國增值稅一般納稅人的增值稅防偽稅控開票子系統，以及覆蓋全國稅務系統的防偽稅控認證子系統、增值稅交叉稽核子系統和發票協查信息管理子系統。

    四個子系統緊密相聯，相互制約，構成了完整的增值稅管理監控系統的基本框架。

    “增值稅管理監控系統”的基本構成和主要功能：

    一、值稅防偽稅控開票子系統

    增值稅防偽稅控開票子系統是運用數字密碼和電子信息存儲技術，通過強化增值稅專用發票的防偽功能。監控企業的銷售收入，解決銷項發票信息真實性問題的計算機管理系統。這一系統將推行到所有增值稅一般納稅人，也就是，所有的增值稅一般納稅人必須通過這一系統開增值稅發票。稅務機關配套使用的是增值稅防偽稅控系統金稅卡和稅控IC卡發行、發票發售和認證報稅子系統。

    二、偽稅控認證子系統

    防偽稅控子系統是對增值稅一般納稅人申報抵扣的增值稅發票抵扣聯進行解密還原認證。經過認證無誤的，才能作為增值稅一般納稅人合法的抵扣憑證。凡是不能通過認證子系統認證的發票抵扣聯一律不能抵扣。

    三、值稅交叉稽核子系統

    增值稅交叉稽核子系統主要進行發票信息的交叉稽核和申報信息的稽核。為了保證發票信息正確性，發票銷項信息由防偽稅控開票子系統自動生成，并有企業向稅務機關進行電子申報；發票進項數據通過稅務機關認證子系統自動生成。進項銷項發票信息采集完畢后，通過計算機網絡將抵扣聯和存根聯進行清分比對。目前稽核的方法采取三級交叉稽核，即本地市發票就地交叉稽核，跨地市發票上傳省級稅務機關交叉稽核，跨省發票上傳國稅總局進行交叉稽核。今后將在稅收規模較大、增值稅專用發票流量較多的區縣增設稽核系統，實現四級交叉稽核的管理模式。

    四、發票協查信息管理子系統

    發票協查信息管理子系統是對有疑問的和已證實虛開的增值稅發票案件協查信息，認證子系統和交叉稽核子系統發現有問題的發票，以及協查結果信息，通過稅務系統計算機網絡逐級傳遞，國稅總局通過這一系統對協查工作實現組織、監控和管理。