子公司少數股東權益在合并報表中的反映是一個重要的會計問題，它涉及到母公司對子公司的控股比例以及非全資子公司中其他股東（即少數股東）的利益如何在財務報表上準確體現。根據國際財務報告準則（IFRSs）和中國的企業會計準則，處理這一問題的基本原則是：在編制合并財務報表時，應當將子公司所有者權益中歸屬于母公司以外的其他股東的部分確認為少數股東權益，并單獨列示。

具體來說，在合并資產負債表中，子公司的所有者權益需要被完全反映出來。其中，母公司持有的部分計入母公司的資本和留存收益等項目；而少數股東所擁有的那部分，則作為一項獨立的項目列出，通常位于負債與所有者權益之間或在所有者權益項下單獨列報，以體現其性質介于負債和所有者權益之間的特點。

在合并利潤表中，需要將歸屬于母公司凈利潤的部分與歸屬于少數股東損益（即子公司凈利潤乘以其持股比例）分開列示。這樣可以清楚地顯示出本期收益中有多少是歸母公司的，又有多少是由少數股東享有的。

此外，在編制現金流量表時，對于涉及少數股東的交易，如支付給少數股東的股利、購買或出售少數股權等，也需要在相應的投資活動部分予以恰當反映。

總之，正確處理子公司少數股東權益不僅能夠保證財務報表的真實性和完整性，也有助于投資者及其他利益相關方更好地理解企業的整體財務狀況。