保函保證金是指企業在向銀行申請開具保函時，按照銀行的要求存入銀行特定賬戶的款項。這部分資金在企業財務報表中的列示方式取決于其性質和用途。

一般情況下，保函保證金會被視為企業的流動資產之一，在資產負債表中“其他貨幣資金”或“其他流動資產”項目下列示。這是因為保函保證金雖然暫時存放在銀行，但最終仍歸企業所有，并且通常可以在一年內收回或者用于滿足特定條件下的支付要求。

但是，如果該筆保函保證金是為長期項目提供擔保而設立的，則可能需要根據其實際用途和回收時間來判斷是否應將其列為非流動資產。例如，在某些情況下，若保函的有效期超過了一年，并且預期不會在短期內解除擔保責任，則這部分資金可能會被歸類到“其他非流動資產”項下。

此外，企業還應在財務報表附注中披露有關保函保證金的具體信息，包括但不限于：保函的類型、金額、期限以及與之相關的任何特殊條款等。這樣可以為報表使用者提供更加全面和準確的信息，幫助他們更好地理解企業的財務狀況及風險情況。

總之，在處理保函保證金的列示問題時，企業應當遵循會計準則的要求，并結合自身實際情況做出合理判斷。同時，確保相關信息得到充分披露，以提高財務報告的質量與透明度。