境外投資收益的間接稅負處理是一個復雜但重要的議題，它涉及到國際稅收規則和各國稅務法規。通常情況下，當一個企業通過其在海外設立的子公司或分支機構獲得收入時，這些收入可能需要在來源國（即境外）繳納所得稅，在匯回母公司所在國（如中國）時還可能面臨再次征稅的問題。為了解決雙重征稅問題，許多國家采取了一系列措施來減輕企業的稅收負擔。
1. 稅收抵免：這是最常見的方式之一。根據中國的稅法規定，居民企業從境外取得的應稅所得已繳納和間接負擔的所得稅性質的稅額，在匯總計算繳納中國企業所得稅時可以從其當期應納稅額中抵免。具體來說，如果一家中國企業在海外有投資并取得了收益，在該國已經支付了相應的稅款，則這部分稅款可以用來抵減在中國需要繳納的企業所得稅。
2. 間接抵免：對于通過多層控股公司獲得的境外投資收益，中國稅法也允許進行間接稅收抵免。這意味著如果中國的母公司通過一個或多個中間層級的外國子公司獲得了最終的投資收益，并且這些中間層級的公司在其所在國已經繳納了相關稅費，則該等已繳納稅款也可以按照一定比例計算后在中國申報時予以抵扣。
3. 稅收協定：中國與世界上許多國家簽訂了雙邊稅收協定，旨在避免雙重征稅和防止偷漏稅。通過這些協議，雙方可以就如何處理跨境交易中的稅務問題達成共識，包括對境外投資收益的間接稅負進行合理的安排。

綜上所述，在處理境外投資收益的間接稅負時，企業應當詳細了解并充分利用中國的相關法律法規以及與投資所在國之間的稅收協定條款，以有效降低整體稅負成本。同時，建議企業在實際操作過程中咨詢專業的稅務顧問或律師，確保所有操作符合法律規定，并能最大化地享受各種優惠政策。