在工程項目中，進度款的稅務處理和會計確認之間存在一定的差異。這種差異主要源于稅法和會計準則對于收入確認時點的不同規定。

首先從會計的角度來看，《企業會計準則》要求企業在滿足以下條件時才能確認收入：企業已經完成或部分完成了合同中的履約義務；客戶已經接受了商品或者服務，或者取得了對這些商品和服務的控制權。在建筑行業，這通常意味著當工程項目達到某個階段，并且這部分工作得到了客戶的驗收后，企業可以按照完工百分比法或其他適當的方法來確認相應的收入和成本。

然而，在稅務處理上，《中華人民共和國增值稅暫行條例》及其實施細則等稅收法規規定，納稅人提供加工、修理修配勞務或者銷售貨物時，應在收到預收款或開具發票的當天作為納稅義務發生的時間。對于建筑行業的工程項目來說，如果企業提前收到了進度款并給對方開具了發票，則需要在當期申報繳納增值稅，即使此時可能尚未滿足會計上確認收入的所有條件。

因此，在實際操作中，可能會出現這樣的情況：企業在某個月份因收到工程進度款而需按規定預繳增值稅，但根據會計準則還不能立即確認這部分收入。反之亦然，有時候企業已經按照完工百分比法在賬面上確認了一部分收入，但由于尚未開具發票或未達到稅務規定的其他條件，暫時無需繳納相應的稅款。

為了妥善處理這種差異帶來的問題，建議企業在日常財務管理中加強與會計師和稅務顧問的溝通合作，確保既符合會計準則要求又遵守相關稅收法律法規。同時也要注意做好賬務調整工作，比如利用遞延所得稅資產或負債等科目來反映兩者之間的暫時性差異，以便準確地反映企業的財務狀況。