在稅務稽查過程中，企業可能會遇到多種常見的問題。了解這些問題及其應對策略對于確保企業的合規性和減少潛在的法律風險至關重要。

首先，常見問題之一是賬簿和憑證管理不規范。這可能包括記錄不完整、缺乏必要的原始憑證或憑證保存不當等。面對這種情況，企業應該建立健全的會計核算體系，確保所有交易都有據可查，并且所有的財務記錄都得到妥善保管。此外，定期進行內部審計，可以及時發現并糾正問題。

其次，稅務申報錯誤也是頻發的問題。這可能涉及稅種認定、稅率適用、稅收優惠政策享受等方面的誤解或誤判。為了避免這類問題的發生，企業應當加強對相關法律法規的學習和理解，并在必要時尋求專業稅務顧問的幫助以確保正確無誤地完成各項申報工作。

第三，關聯交易處理不當也是一個重要方面。如果企業的關聯方交易未能按照獨立交易原則進行，則可能引起稅務機關的關注甚至調查。因此，企業在處理此類交易時應嚴格遵守相關規定，確保定價公允，并保留充分的文件支持其合理性。

最后，在面對稅務稽查時，企業應當保持積極合作的態度。當被通知接受檢查時，應及時準備相關資料并配合調查人員的工作。同時，如果發現確實存在違法違規行為，應該主動承認錯誤并提出整改措施，爭取從輕處理的機會。

總之，通過加強內部管理和合規意識、提升專業知識水平以及在遇到問題時采取正確的應對措施，可以有效降低企業在稅務稽查中面臨的風險。