特許權使用費在稅務處理上主要涉及到增值稅和企業所得稅。具體來說，當一方提供專利、商標、著作權等無形資產的使用權給另一方，并因此收取費用時，這種收入即被視為特許權使用費。

首先，在增值稅方面，根據現行稅法規定，特許權使用費屬于現代服務業中的“文化創意服務”或“鑒證咨詢服務”等范疇，適用6%的稅率。提供方需要按照實際收到的款項計算銷項稅額，并開具相應的增值稅專用發票給接收方作為進項稅抵扣憑證。

其次，在企業所得稅方面，對于支付特許權使用費的企業而言，這部分支出可以在計算應納稅所得額時予以扣除；而對于收取特許權使用費的企業來說，則需將其確認為當期收入并計入利潤總額中，進而影響最終的企業所得稅負擔。但需要注意的是，如果涉及跨境交易（即一方向境外企業提供特許權），則可能需要考慮預提稅的問題。根據中國與相關國家簽訂的稅收協定以及國內法的規定，對于向非居民企業支付的特許權使用費，通常要求由境內支付方履行扣繳義務，并按照一定的比例代扣代繳預提所得稅。

此外，在實際操作過程中還需要關注合同條款、會計處理等方面的具體細節，確保符合稅務法規的要求。建議企業在涉及此類業務時咨詢專業會計師或稅務顧問的意見，以避免潛在的法律風險。