免稅收入是否需要單獨核算，主要取決于國家稅收政策的規定及企業的實際管理需求。通常情況下，為了確保稅務合規性和財務報表的準確性，企業應當對免稅收入進行單獨核算。

首先，從稅務合規性的角度來看，根據我國《中華人民共和國增值稅暫行條例》及其實施細則等相關法律法規的規定，納稅人應當準確劃分應稅項目與非應稅（即免稅）項目的收入，以保證正確計算和申報各項稅費。如果將免稅收入混同于應稅收入中一并核算，則可能導致企業無法充分享受稅收優惠政策，甚至可能因違反稅務規定而面臨罰款等風險。

其次，從企業管理的角度出發，單獨核算是提高財務管理水平的重要手段之一。通過明確記錄每一筆交易的性質（是否屬于免稅范圍），有助于管理層更好地理解公司業務結構、優化資源配置，并為未來的經營決策提供可靠的數據支持。此外，在進行財務報表編制時，準確地區分各類收入也有利于提升報告的真實性和透明度。

綜上所述，盡管法律并未強制要求所有企業都必須對免稅收入單獨設立賬套或科目，但從稅務合規與財務管理的角度考慮，建議企業在實際操作中采取這一做法。當然，具體實施方式還需結合企業的規模、行業特點以及內部管理需求等因素綜合考量。如果在執行過程中遇到任何疑問或者困難，可以咨詢專業的會計師或稅務顧問獲得指導。