稅務違法案件的管轄權問題，主要依據《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則，《中華人民共和國行政處罰法》等相關法律法規的規定。通常情況下，稅務機關是處理稅務違法案件的主要機構。

首先，根據地域原則，違法行為發生地的縣級以上（含本級）稅務局具有管轄權。如果違法行為涉及跨區域，一般由共同上級稅務機關指定管轄或者由相關稅務機關協商確定管轄權。

其次，對于重大、復雜的稅務違法案件，省級或國家稅務總局可以直接受理，也可以指定下級稅務局處理。這主要是考慮到此類案件可能涉及到更廣泛的社會影響和法律適用問題，需要更高層級的稅務機關來統籌協調。

此外，在特定情況下，如涉及刑事犯罪的稅務違法行為，則需移送公安機關立案偵查。此時，公安機關將依法行使偵查權，并與稅務機關密切配合，共同打擊嚴重涉稅違法犯罪行為。

總之，稅務違法案件的管轄權確定應當遵循法律規定的原則和程序，確保執法活動合法、公正、高效地進行。同時，各級稅務機關在實際操作中也應加強協作溝通，提高處理效率和服務質量。