在稅務行政復議中，經常會出現矛盾證據的情況，這給案件的事實認定帶來了挑戰。正確處理這些矛盾證據對于確保稅務行政復議的公正性和準確性至關重要。下面是一些處理矛盾證據的基本原則和方法：

首先，應當堅持全面、客觀地審查所有證據的原則。這意味著不僅要考慮有利于一方當事人的證據，也要充分考慮對方提供的證據，以及可能存在的第三方證據。在這一過程中，需要對每一份證據的真實性、關聯性及其證明力進行評估。

其次，在面對存在矛盾的證據時，應依據證據規則來判斷哪份證據更為可信。比如，直接證據通常比間接證據更有說服力；原始證據相較于傳來證據更具權威性；書證和物證往往比言詞證據更可靠等。此外，還需要考慮證據之間的相互印證情況以及是否符合常理。

再次，可以采取補充調查的方式解決矛盾證據問題。如果現有材料無法明確事實真相，復議機關有權要求當事人提供新的證明材料或進行必要的現場勘查、專家鑒定等活動，以便獲取更多有助于查明案件事實的信息。

最后，在作出最終決定前，應當充分聽取雙方當事人的意見，并給予其合理的解釋機會。通過這種方式不僅可以保障當事人的合法權益，也有助于提高稅務行政復議的透明度和公信力。

總之，處理稅務行政復議中的矛盾證據問題需要綜合運用法律知識、專業技能以及良好的判斷能力，確保每一起案件都能得到公正合理的解決。