是的，在計算非居民企業的應納稅額時，需要考慮稅收協定。稅收協定是兩個或多個國家之間為了協調彼此的稅收管轄權和避免雙重征稅而簽訂的協議。對于非居民企業而言，稅收協定通常會規定其來源國（即企業收入來源的國家）和居民國（即企業注冊或實際管理所在的國家）之間的稅收待遇。

在計算非居民企業的應納稅額時，稅收協定可能會影響以下方面：
1. 稅收管轄權：協定可能會明確規定哪一國家對哪些類型的收入擁有征稅權。
2. 稅率：協定可能會規定一個低于普通稅率的優惠稅率，或者特定的征稅條件。
3. 稅收抵免：協定可能允許企業在其居民國享受稅收抵免，以避免雙重征稅。
4. 預提稅：協定可能會規定一個較低的預提稅稅率，適用于支付給非居民企業的股息、利息和特許權使用費等。
5. 常設機構：協定可能對常設機構的定義和征稅規則有具體規定。

因此，在計算非居民企業的應納稅額時，需要根據適用的稅收協定來確定企業的納稅義務和享受的稅收優惠。如果不考慮稅收協定，可能會導致企業被錯誤地征稅，或者未能享受到應有的稅收優惠。