增值稅扣減的計算方法主要適用于納稅人銷售自產貨物并同時提供建筑業勞務的行為。這種情況下，納稅人需要將貨物銷售收入和建筑業勞務收入分別核算，并分別計算繳納增值稅。

計算方法如下：
1. 首先計算貨物銷售的應納稅額，按照貨物銷售收入和適用稅率計算。
2. 然后計算建筑業勞務的應納稅額，按照建筑業勞務收入和適用稅率計算。
3. 最后，從貨物銷售的應納稅額中扣減建筑業勞務的應納稅額，得出最終需要繳納的增值稅額。

例如：

假設某納稅人銷售自產貨物取得收入100萬元，適用稅率為13%；同時提供建筑業勞務取得收入50萬元，適用稅率為9%。

計算過程：

貨物銷售的應納稅額 = 100萬元 * 13% = 13萬元
建筑業勞務的應納稅額 = 50萬元 * 9% = 4.5萬元
最終應繳納的增值稅額 = 貨物銷售的應納稅額 - 建筑業勞務的應納稅額 = 13萬元 - 4.5萬元 = 8.5萬元

納稅人最終需要繳納的增值稅額為8.5萬元。