在同一控制下的企業合并中，合并方取得的長期股權投資的初始成本應當根據被合并方在最終控制方合并財務報表中的凈資產份額來確定。具體來說，合并方在合并中取得的長期股權投資成本，應當按照以下步驟來確定：
1. 首先確定被合并方在最終控制方合并財務報表中的凈資產的賬面價值。
2. 然后根據合并方在合并后所持被合并方的股權比例，計算出合并方應享有的被合并方凈資產份額。
3. 最后，合并方取得的長期股權投資的初始成本就等于上述計算出的凈資產份額。

例如，假設A公司是B公司的全資子公司，B公司是C公司的全資子公司。現在C公司要將A公司并入其財務報表。在C公司的合并財務報表中，A公司的凈資產賬面價值為100萬元。C公司取得A公司100%的股權，那么C公司應享有的A公司凈資產份額為100萬元。因此，C公司合并A公司時，其長期股權投資的初始成本為100萬元。