土地增值稅清算時，房地產開發費用的計算通常包括以下兩個方面：
1. 取得土地使用權所支付的金額和房地產開發成本之和的10%以內部分，準予據實扣除，超過部分在計算土地增值稅時不得扣除。
2. 財務費用中的利息支出，凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但最高不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產開發費用，包括銷售費用、管理費用、財務費用等，按照取得土地使用權所支付的金額與房地產開發成本之和的5%以內計算扣除。

具體計算公式如下：

房地產開發費用 = (取得土地使用權所支付的金額 房地產開發成本) × 規定比例

其中，規定比例通常為5%或10%，具體比例需要根據當地稅務機關的規定來確定。

需要注意的是，上述計算方法適用于一般情況，某些地區可能會有特定的稅收優惠政策或者不同的計算方法，因此具體計算時應以當地稅務機關的規定為準。同時，企業應該保留好相關的財務憑證和證明材料，以便在土地增值稅清算時提供給稅務機關進行審核。