房地產開發成本在土地增值稅計算中的扣除，需要根據《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》及其實施細則的相關規定進行。房地產開發成本主要包括以下幾項：
1. 土地成本：指取得土地使用權所支付的金額，包括土地的出讓金、土地補償費、安置補助費、地上附著物和青苗補償費、拆遷補償費等。
2. 建設成本：指房地產開發項目實際發生的建筑成本，包括建筑工程費、安裝工程費、裝修工程費等。
3. 管理費用：指房地產開發企業為組織和管理房地產開發項目所發生的費用。
4. 銷售費用：指房地產開發企業為銷售房地產項目所發生的費用。
5. 財務費用：指房地產開發企業為房地產開發項目籌集資金所發生的費用，如利息支出等。

在土地增值稅計算中，房地產開發成本一般按照以下步驟進行扣除：
（1）確定土地增值額：首先計算出房地產項目的增值額，即銷售收入減去扣除項目金額后的余額。
（2）確定扣除項目金額：包括取得土地使用權所支付的金額、房地產開發成本、房地產開發費用、稅金（包括教育費附加和地方教育附加）、其他扣除項目（如舊房改造支出等）。
（3）計算土地增值率：將增值額除以扣除項目金額，得出土地增值率。
（4）根據土地增值率查找適用稅率：按照《土地增值稅暫行條例》規定的稅率表，確定適用的土地增值稅稅率。
（5）計算土地增值稅稅額：根據適用稅率計算出土地增值稅的稅額。

需要注意的是，土地增值稅實行四級超率累進稅率，具體如下：

- 增值額未超過扣除項目金額50%的部分，稅率為30%。
- 增值額超過扣除項目金額50%、未超過扣除項目金額100%的部分，稅率為40%。
- 增值額超過扣除項目金額100%、未超過扣除項目金額200%的部分，稅率為50%。
- 增值額超過扣除項目金額200%的部分，稅率為60%。

在實際操作中，房地產開發企業需要根據項目實際情況，提供相關成本費用的合法有效憑證，并按照規定進行土地增值稅的申報和繳納。