綜合所得的預扣預繳和匯算清繳是個人所得稅征收管理中的兩個不同階段，它們的主要區別如下：
1. 時間節點不同：
   - 預扣預繳：在納稅人取得綜合所得的當期，由支付方（如雇主、提供勞務的單位等）預先扣繳個人所得稅。通常是在每個月或者每次取得收入時進行。
   - 匯算清繳：在年度終了后，納稅人需要將全年的綜合所得進行匯總，計算出全年應納稅所得額，并據此繳納稅款或者申請退稅。通常在次年的3月1日至6月30日之間進行。
2. 計算方法不同：
   - 預扣預繳：在預扣預繳階段，支付方會根據納稅人提供的個人信息，如預計的年度應納稅所得額、專項附加扣除等信息，預扣并預繳個人所得稅。如果納稅人實際的收入和費用支出與預估的差異較大，可能會在匯算清繳時進行調整。
   - 匯算清繳：在匯算清繳階段，納稅人需要根據實際的綜合所得收入和相關的費用、扣除項目，按照年度綜合所得的計算方法，計算出全年的應納稅所得額。
3. 納稅義務的確定不同：
   - 預扣預繳：在預扣預繳階段，納稅人的納稅義務是根據預估的應納稅所得額來確定的，預扣預繳的稅款可能與最終的納稅義務存在差異。
   - 匯算清繳：在匯算清繳階段，納稅人的納稅義務是根據實際的應納稅所得額來確定的，納稅人需要對預扣預繳的稅款進行多退少補。
4. 納稅申報方式不同：
   - 預扣預繳：通常由支付方在每次支付收入時通過扣繳系統自動完成，納稅人不需要額外申報。
   - 匯算清繳：納稅人需要自行或在稅務專業人士的幫助下，通過個人所得稅申報系統進行申報，并提交相關的費用、扣除和收入證明材料。

總結來說，預扣預繳是個人所得稅征收管理的前端，目的是為了確保稅款及時入庫，同時為納稅人提供稅前扣除的機會；匯算清繳則是個人所得稅征收管理的末端，是對全年綜合所得進行最終的計算和調整，確保納稅人準確繳納個人所得稅。