環境保護稅的計稅依據審核主要涉及以下幾個方面：
1. 污染物排放量的審核：環境保護稅根據污染物的排放量來計算，因此需要審核企業提供的污染物排放數據是否真實、準確。這包括對廢氣、廢水、固體廢物等污染物的排放量進行審核。
2. 監測數據的審核：如果企業有組織排放監測，需要審核監測報告是否真實、完整，監測方法是否符合國家標準，監測頻率是否符合規定等。
3. 環境影響評價文件的審核：對于新建、改建、擴建項目，需要審核其環境影響評價文件中的污染源分析、污染治理設施設計、環境保護措施是否符合要求。
4. 污染治理設施的審核：審核企業是否按照環境影響評價文件的要求建設污染治理設施，設施是否正常運行，處理效率是否達到設計要求。
5. 納稅申報表的審核：審核企業提交的納稅申報表中的數據是否與實際排放量相符，是否按照規定填寫，是否有遺漏或錯誤。
6. 減免稅優惠的審核：如果企業享受減免稅優惠，需要審核其是否符合減免稅的條件，相關證明材料是否齊全。
7. 繳納稅款的審核：審核企業是否按照規定期限足額繳納環境保護稅，是否有延期繳納或減免稅的情況。

在審核過程中，需要結合企業的生產工藝、污染治理設施、監測數據、環境影響評價文件等多方面資料進行綜合判斷。如果發現數據異常或疑點，需要進一步調查核實。