增值稅電子專用發票與紙質發票的區別主要體現在以下幾個方面：
1. 形式：增值稅電子專用發票是以電子形式存儲和傳遞的發票，而紙質發票是以紙張形式打印和傳遞的發票。
2. 存儲方式：增值稅電子專用發票以電子數據形式存儲在稅務系統中，紙質發票以紙張形式存儲在企業或個人的財務檔案中。
3. 傳遞方式：增值稅電子專用發票通過電子數據交換方式傳遞，可以通過互聯網、電子郵件等方式進行傳遞；紙質發票通過實物形式傳遞，需要通過郵寄、快遞等方式進行傳遞。
4. 使用范圍：增值稅電子專用發票主要適用于企業之間交易，紙質發票則適用于企業與個人之間交易。
5. 防偽性：增值稅電子專用發票采用了多種防偽技術，如數字簽名、電子印章等，具有較高的防偽性；紙質發票則通過印刷技術和防偽標識來保證防偽性。

需要注意的是，增值稅電子專用發票的使用需要符合稅務機關的相關規定和要求，企業在使用電子發票時需要遵守相關的電子發票管理規定。