處理與客戶存在商業利益關系的獨立性問題是審計過程中非常重要的一環，以下是一些處理這種情況的方法：
1. 建立有效的獨立性政策：審計公司應該建立明確的獨立性政策，規定員工與客戶之間不得存在商業利益關系，以確保審計工作的獨立性和客觀性。
2. 嚴格控制利益沖突：審計公司應該對員工進行培訓，教育他們如何辨別和處理潛在的利益沖突情況，避免與客戶存在利益關系。
3. 實施獨立性審查程序：在接受新客戶或繼續為現有客戶提供服務之前，審計公司應該進行獨立性審查，確保不存在任何可能影響審計獨立性的情況。
4. 建立獨立性委員會：審計公司可以設立獨立性委員會，負責監督和審查員工與客戶之間的商業利益關系，確保獨立性得到維護。
5. 公開透明：審計公司應該向公眾和監管機構公開其獨立性政策和實施情況，以增加透明度和信任度。

總的來說，處理與客戶存在商業利益關系的獨立性問題需要審計公司建立嚴格的制度和程序，確保審計工作的獨立性和客觀性不受影響。