矩陣制組織結構是一種同時基于功能和項目的管理架構，員工通常會同時報告給功能經理和項目經理。在這種結構下，平衡員工的專業發展和組織整體目標需要注意以下幾點：
1. 制定明確的目標和職責：確保每位員工清楚了解他們在項目和功能部門中的角色和職責，以便他們能夠專注于實現個人目標并為組織目標做出貢獻。
2. 提供培訓和發展機會：為員工提供與其專業發展相關的培訓和發展機會，幫助他們不斷提升技能和知識，以更好地應對項目需求和組織目標。
3. 激勵和獎勵機制：建立激勵和獎勵機制，激勵員工在項目和功能部門中取得優秀表現，同時與組織整體目標保持一致。
4. 溝通和協作：加強項目經理、功能經理和員工之間的溝通和協作，確保信息流暢，目標一致，避免沖突和混亂。
5. 管理沖突：處理員工可能面臨的功能和項目之間的沖突，通過有效的沖突管理機制解決問題，確保員工專業發展和組織整體目標之間的平衡。

通過以上方法，矩陣制組織結構可以更好地平衡員工的專業發展和組織整體目標，實現員工與組織的共贏。