矩陣制組織結構的局限性主要包括以下幾點：
1. 權責不清：在矩陣制組織結構中，員工往往同時向多個主管匯報，導致權責不清，容易產生混亂和沖突。這可能會導致決策延遲、責任推卸等問題。
2. 溝通困難：由于矩陣制組織結構中存在多個層級和交叉的溝通渠道，信息傳遞和溝通往往會變得復雜和困難。這可能會導致信息不對稱、誤解和傳遞失真的問題。
3. 決策效率低下：矩陣制組織結構中的決策通常需要經過多個層級的批準和協調，導致決策效率低下，難以迅速應對市場變化和競爭壓力。
4. 管理復雜性高：矩陣制組織結構中需要同時管理多個交叉部門和項目組，管理復雜性較高。這可能會增加管理成本、資源浪費和管理效率低下的風險。
5. 組織文化沖突：矩陣制組織結構中不同部門和項目組之間可能存在不同的文化、目標和利益沖突，難以形成統一的組織文化和價值觀，影響組織整體的凝聚力和協作效率。

因此，雖然矩陣制組織結構可以促進跨部門協作和創新，但其局限性也需要組織及時識別并采取相應措施加以解決，以確保組織的戰略執行和風險管理能夠有效實施。