會計師事務所保證質量管理體系的有效運作通常通過以下方式實施：
1. 內部控制體系：會計師事務所建立和維護內部控制體系，確保審計工作的質量和有效性。這包括設立合適的審計程序、流程和控制措施，以確保審計工作按照相關法規和準則進行，并且能夠及時發現和糾正錯誤。
2. 培訓與教育：會計師事務所定期為員工提供相關的培訓和教育，確保他們了解最新的審計準則、法規和技術，并具備必要的技能和知識來執行審計工作。
3. 質量控制程序：會計師事務所建立質量控制程序，包括對審計工作的監督、評估和審查，以確保審計工作符合相關的準則和標準。
4. 獨立性和道德準則：會計師事務所確保員工嚴格遵守獨立性和道德準則，不受外部影響，保持審計工作的客觀性和公正性。
5. 審計委員會：一些會計師事務所設立審計委員會，負責監督和評估質量管理體系的有效性，并提出改進建議。

通過以上措施，會計師事務所可以有效保證質量管理體系的運作，提高審計工作的質量和可靠性。