內部控制缺陷整改后，公司應該采取以下措施來防止類似問題再次發生：
1. 制定和實施更加嚴格的內部控制政策和程序：公司應該對內部控制政策和程序進行全面審查，確保其能夠有效地防止各類風險和錯誤發生。同時，公司還應該確保員工了解并遵守這些政策和程序。
2. 加強員工培訓和教育：公司應該為員工提供必要的培訓和教育，使他們了解內部控制的重要性，以及如何正確執行和遵守相關規定。
3. 設立獨立的內部審計部門：內部審計部門可以定期對公司的內部控制進行審計和評估，及時發現問題并提出改進建議，從而幫助公司避免類似問題再次發生。
4. 強化監督和監控機制：公司應該建立有效的監督和監控機制，對內部控制進行持續監測和評估，及時發現問題并采取糾正措施。
5. 加強公司文化建設：公司應該樹立良好的企業文化，強調誠信、透明和責任，鼓勵員工積極參與內部控制的建設和執行。

通過以上措施的綜合應用，公司可以有效地防止類似的內部控制缺陷再次發生，提高公司的管理效率和風險控制能力。