內部控制審計和財務報表審計是兩個不同的審計領域，它們有以下幾個主要區別：
1. 審計對象不同：內部控制審計關注的是企業的內部控制體系，即企業為了保護資產、確保財務信息的準確性和完整性而建立的一系列控制措施；而財務報表審計關注的是企業的財務報表，即企業對外披露的財務信息。
2. 審計目的不同：內部控制審計的目的是評估企業內部控制體系的有效性和合規性，以發現潛在的風險和問題，并提出改進建議；而財務報表審計的目的是評估企業財務報表的準確性和可靠性，以向利益相關方提供一個獨立的意見。
3. 審計程序不同：內部控制審計主要通過對企業內部控制的設計和運行進行評估，包括對內部控制流程的了解、測試內部控制的有效性和合規性等；而財務報表審計主要通過對企業財務報表的審核，包括對賬戶余額的核實、對交易的審查等。
4. 審計依據不同：內部控制審計的依據主要是企業自身建立的內部控制制度和規范，以及相關的法律法規；而財務報表審計的依據主要是國際會計準則、國家會計準則和相關的法律法規。

需要注意的是，內部控制審計和財務報表審計是相互關聯的，內部控制的有效性對財務報表審計的準確性和可靠性具有重要影響。因此，一般情況下，內部控制審計在財務報表審計之前進行，以確保財務報表的可靠性。