合并財務報表中的內部交易處理是一個比較復雜的過程，需要遵循會計準則和相關規定。以下是一般的處理步驟：
1. 識別內部交易：在編制合并財務報表之前，需要識別和確認子公司之間以及子公司與母公司之間發生的所有內部交易。
2. 調整子公司個別財務報表：對于子公司個別財務報表中的內部交易，需要進行調整，包括抵銷營業收入、存貨、應收賬款、應付賬款等項目的金額。
3. 編制抵銷分錄：在合并工作底稿中，編制抵銷內部交易的會計分錄，通常包括以下分錄：
   - 借：營業收入
     貸：營業成本
   - 借：營業外收入（如果是固定資產等非流動資產的內部交易）
     貸：固定資產/無形資產等
   - 借：遞延所得稅資產（如果是資產的公允價值與賬面價值不一致產生的暫時性差異）
     貸：所得稅費用
4. 調整母公司個別財務報表：如果母公司涉及內部交易，也需要在母公司個別財務報表中進行相應的調整。
5. 編制合并財務報表：將調整后的子公司個別財務報表和母公司個別財務報表進行合并，編制合并資產負債表、合并利潤表、合并現金流量表和合并所有者權益變動表。
6. 披露：在合并財務報表附注中，需要披露內部交易對合并財務報表的影響，包括內部交易的重要性和合并財務報表中調整后的數據。

需要注意的是，內部交易的處理需要遵循實質重于形式的原則，即不僅要關注交易的表面形式，還要關注交易的實質內容，以確保合并財務報表反映的是集團整體的財務狀況和經營成果。此外，對于內部交易中涉及的重要資產，如固定資產、無形資產等，需要特別關注其公允價值的確定是否合理。