在合并財務報表中處理內部存貨交易時，需要遵循以下步驟：
1. 識別內部交易：首先，需要確定合并集團內部是否有存貨交易發生。
2. 調整個別財務報表：如果存在內部存貨交易，需要對個別財務報表中的存貨和相關收入、成本進行調整。具體來說：
   - 對于賣方（子公司）：需要將內部銷售收入和成本予以抵銷，即在編制合并財務報表時，需要將這部分內部交易的收入和成本相抵消，使得最終的合并財務報表中不包含這些內部交易的影響。
   - 對于買方（子公司或母公司）：需要將內部采購成本進行調整，通常是將內部采購成本調整為在合并集團層面更加公允的售價。
3. 編制合并存貨報表：在合并存貨報表中，需要將所有子公司的存貨按照統一的會計政策進行合并，并調整內部交易的影響。
4. 調整合并凈利潤：在合并凈利潤中，需要將內部存貨交易產生的利潤或虧損予以抵銷。
5. 編制合并現金流量表：在合并現金流量表中，需要將內部存貨交易產生的現金流量調整至符合合并集團的實際現金流量狀況。
6. 披露：在合并財務報表附注中，需要對內部存貨交易進行適當披露，包括交易的性質、金額以及對合并財務報表的影響。

需要注意的是，內部存貨交易的調整可能會涉及到存貨計價方法的選擇（如先進先出法、加權平均法等），以及是否適用商品控制權轉移的判斷。此外，還需要考慮內部交易是否符合正常的商業原則，是否存在高估收入和利潤的情況。