在內部存貨交易中，子公司個別財務報表和合并財務報表中的存貨價值可能會有所不同，主要原因是合并財務報表需要根據會計準則進行抵銷處理，而個別財務報表不需要。
1. 子公司個別財務報表：
在子公司個別財務報表中，存貨按照歷史成本或先進先出、加權平均等方法進行核算。如果子公司之間發生了存貨交易，子公司會將其作為正常的購銷業務處理，按照交易價格確認收入和成本。因此，子公司個別財務報表中的存貨價值反映的是其自身的實際采購成本。
2. 合并財務報表：
在合并財務報表中，母公司需要將子公司作為組成部分進行合并。如果子公司之間發生了存貨交易，為了反映集團整體的實際情況，需要將這些內部交易進行抵銷。通常，合并財務報表中會使用成本法或市場法來確定存貨價值。

成本法是指將子公司之間的存貨交易按照成本價進行抵銷，即子公司向母公司或兄弟公司銷售存貨時，在合并財務報表中將這部分銷售收入和成本同時抵銷，存貨的價值在合并層面保持不變。

市場法是指將子公司之間的存貨交易按照市場價格進行抵銷，即如果該存貨在市場上具有活躍的交易和公允價值，那么在合并財務報表中可以采用市場價格來確定存貨的價值。

總結來說，子公司個別財務報表中的存貨價值是其自身的實際采購成本，而合并財務報表中的存貨價值可能經過抵銷調整，以反映集團整體的實際情況。這種差異主要是由于會計處理原則的不同導致的。