公司價值分析法的局限性包括對未來現金流量和貼現率的不確定性、難以準確預測未來業績、忽視了市場變化等因素。為克服這些局限性，可以采取以下措施：
1. 多方案分析：考慮并比較多種不同的預測情景，以應對不同的風險和不確定性。
2. 靈活應用貼現率：根據不同風險水平和市場情況，靈活調整貼現率，以反映實際情況。
3. 定期更新數據：定期更新公司的財務數據和市場情況，及時調整價值分析模型，以反映最新情況。
4. 敏感性分析：通過進行敏感性分析，評估關鍵變量對公司價值的影響程度，增加對未來情況的預測準確性。
5. 結合其他方法：結合其他財務分析方法，如市場多重評估法、基本面分析等，綜合考慮不同角度的評估結果。

通過以上措施的綜合運用，可以更全面、準確地評估公司的價值，降低公司價值分析法的局限性帶來的影響。