那在工資表里的實際發放工資金額是不是就跟個稅申報的實際發放工資金額不一致了

對的，是的，不一樣的。

大額醫療是個稅匯算清繳的時候能扣除嗎

可以的，抵扣不了個稅的。

不可以的，抵扣不了個稅的。